针对您提出的“农村建房包工包料合同协议书范本不合格怎么处理”的问题，这实际上涉及到房屋质量不合格时的维权流程。以下是一个详细且有条理的解答，希望能帮助您有效维护自己的合法权益：

一、明确房屋不合格情况并固定证据

1. 详细检查：首先，您需要对房屋进行全面细致的检查，明确不合格的具体情形，比如是结构安全问题（如墙体倾斜、梁柱裂缝）、建筑质量瑕疵（如墙面不平、地面空鼓），还是包工头未按设计要求或合同约定进行施工。

2. 拍照录像：对发现的质量问题部位进行多角度拍照和录像，记录问题的现状、位置和严重程度，这些将作为后续维权的重要证据。

3. 保存材料：务必保留好建房合同、施工图纸、建材购买凭证、支付工程款记录等相关材料，这些材料在维权过程中将起到关键作用。

二、与包工头初步沟通

1. 面对面沟通：尝试与包工头进行面对面沟通，明确指出房屋存在的质量问题，并出示您所收集的证据，要求包工头承担修复责任或赔偿损失。

2. 书面函件：如果面对面沟通效果不佳，您可以考虑发送书面函件（如律师函）给包工头，明确要求其进行整改，并警告可能采取的法律行动。

三、寻求专业鉴定与第三方调解

1. 专业鉴定：如果包工头对质量问题存在争议，您可以委托有资质的房屋质量鉴定机构进行鉴定，获取专业的鉴定报告作为维权依据。

2. 第三方调解：若协商无果，您可以向当地建设工程管理部门、消费者协会或相关行业协会申请调解，利用第三方的专业性和权威性来促进问题的解决。

四、采取法律途径维权

1. 基层调解：在提起诉讼之前，您可以先向村委会、人民调解委员会等基层组织申请调解，寻求双方和解的可能性。

2. 提起民事诉讼：如果调解不成，您可以依据建房合同、鉴定报告等证据向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求包工头承担违约责任，包括继续履行修复义务、赔偿经济损失等。

3. 申请仲裁：如果合同中有仲裁条款，您也可以选择向约定的仲裁机构申请仲裁，以获得高效、灵活的纠纷解决方式。

五、确定赔偿范围并监督整改

1. 赔偿范围：一旦确定包工头应承担责任，您需要明确赔偿范围，这包括但不限于修复费用、因质量问题导致的其他损失（如临时租房费用）、房屋贬值损失等。

2. 监督整改与验收：如果判决或协议要求包工头进行整改，您应全程监督整改过程，确保按标准和方案施工。整改完成后，组织专业人员验收，确保房屋达到合格标准。

六、保持冷静理性并寻求专业帮助

在整个维权过程中，您务必保持冷静和理性，避免过激行为。同时，如果您对法律或政策不熟悉，可以咨询专业律师或相关机构以获取专业建议和指导。

综上所述，面对农村建房包工包料合同协议书范本不合格导致房屋质量问题的情况，您应积极采取措施固定证据、与包工头沟通协商、寻求专业鉴定与第三方调解以及通过法律途径维权。希望这些建议能帮助您有效解决问题并维护自己的合法权益。