关于您提到的“农村盖房合同协议书不合格”的问题，这确实是一个涉及合同效力与后续处理措施的复杂问题。以下是我根据您的需求，从专业角度给出的全面解答：
一、合同不合格的法律后果
首先，我们需要明确“合同不合格”的具体含义。在法律上，合同可能因多种原因被认定为无效或部分无效，如合同内容违反法律法规、合同主体不具备相应民事行为能力、合同意思表示不真实等。对于农村盖房合同而言，如果合同被认定为不合格或无效，可能产生以下法律后果：
- 返还财产：合同双方因合同取得的财产应当予以返还，包括已支付的款项、已投入的材料等。
- 过错赔偿：如果合同无效是由于一方的过错导致的，过错方应当赔偿对方因此受到的损失。
- 工程合格后的支付：尽管合同无效，但如果建设工程经竣工验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。
二、处理不合格合同的具体建议
- 审查合同内容：首先，建议您仔细审查合同内容，确定合同是否存在违反法律法规的条款，或者是否存在其他导致合同无效的情形。
- 协商处理：如果合同确实存在问题，您可以尝试与合同对方进行协商，看是否能够达成一致的解决方案，如修改合同条款、解除合同等。
- 寻求法律救济：如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。您可以向当地人民法院提起诉讼，要求确认合同的效力，并根据法院的判断来采取相应的法律行动。
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好与合同相关的所有证据，如合同文本、付款记录、沟通记录等，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
三、预防合同不合格的措施
为了避免未来再次遇到类似的问题，我建议您在签订合同时注意以下几点：
- 审查合同主体：确保合同双方都具备相应的民事行为能力和资质。
- 明确合同条款：合同条款应当清晰明确，避免使用模糊或含糊不清的表述。
- 遵守法律法规：合同内容应当遵守国家法律法规的规定，不得违反强制性规定或损害社会公共利益。
- 寻求专业帮助：在签订重要合同时，可以考虑咨询专业的律师或法律顾问，以确保合同的合法性和有效性。
综上所述，对于“农村盖房合同协议书不合格”的问题，您需要根据具体情况来采取相应的法律行动。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时联系我。