结论：差旅费中发票100元、伙食补贴和交通补贴50元，一共150元是否合法，需结合具体补贴发放标准、企业制度以及税法规定综合判断，以下分情况说明：

1. 补贴发放标准符合规定
   若企业发放的伙食补贴和交通补贴属于合理的差旅费津贴（例如：符合当地财政部门或企业自行制定的差旅费管理办法中的标准），且未超过当地规定的免税额度（如部分地区对差旅费津贴有免税标准），则该50元补贴无需缴纳个人所得税，整体150元的构成合法。
   法律依据：根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（2011年第34号），企业差旅费津贴属于合理支出，可在税前扣除；同时，符合规定的差旅费津贴不征收个人所得税。

2. 补贴发放标准不明确或超标
   若企业未制定明确的差旅费补贴标准，或实际发放的补贴（如50元）超过当地财政部门或税务机关规定的免税额度，则超标部分需并入员工工资薪金所得，缴纳个人所得税。此时，150元的构成虽不直接违法，但税务处理需调整。
   示例：若当地规定差旅费津贴每日免税限额为30元，企业实际发放50元，则超出的20元需计税。

3. 企业制度与税法衔接问题
   即使企业内部制度允许发放50元补贴，仍需确保制度符合税法要求。例如：

   • 补贴需与实际差旅活动相关（如出差天数、地点匹配）；
     
   • 需保留差旅审批记录、发票等凭证，以证明补贴的合理性。
     若缺乏凭证或制度与税法冲突，可能面临税务稽查风险。

建议：

• 企业应制定明确的差旅费管理制度，明确补贴标准、发放条件及税务处理方式；
  
• 员工需保留差旅相关凭证（如发票、行程单），以备税务核查；
  
• 若对补贴合法性存疑，可结合当地税务机关的具体规定进一步核实。
  

如有其他细节需补充（如补贴性质、企业所在地等），可进一步说明，我会为您详细分析。