结论：在农村菜场商铺大厅擅自搭建一间商铺且没有房产证，这种行为一般是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析。

一、从规划与建设许可角度

1. 规划要求：农村地区的建设也需要遵循相应的规划要求。菜场商铺大厅作为已有的建筑，其使用和改造通常受到规划的约束。如果在大厅内擅自搭建商铺，可能改变了原有的建筑布局和功能分区，违反了当地的规划规定。例如，某些地区规定商业建筑内部的空间布局需要符合特定的消防、人流疏散等要求，擅自搭建可能破坏这些布局，影响公共安全。
2. 建设许可：进行任何建设活动，包括搭建商铺，一般都需要取得相应的建设许可。这通常涉及到向当地的规划、建设等部门提交申请，经过审批获得建设工程规划许可证等相关证件后才能进行施工。如果没有取得这些许可就擅自搭建，属于违法建设行为。

二、从产权角度

1. 房产证的重要性：房产证是房屋所有权的法定证明文件。没有房产证，意味着该搭建的商铺在法律上无法确认其所有权归属。这不仅会影响商铺的合法交易、抵押等经济活动，还可能在面临拆迁等情况时，无法获得合法的补偿。
2. 对原建筑产权的影响：擅自在大厅内搭建商铺，还可能对原菜场商铺大厅的产权产生影响。如果原大厅的产权属于多个业主共有，那么擅自搭建可能侵犯了其他业主的合法权益，引发产权纠纷。

三、从法律后果角度

1. 行政处罚：对于擅自搭建商铺的行为，当地的规划、城管等部门有权进行查处。根据违法情节的轻重，可能会面临责令停止建设、限期拆除、罚款等行政处罚。例如，根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
2. 民事纠纷：如前文所述，擅自搭建可能侵犯其他业主的合法权益，从而引发民事纠纷。其他业主可能会通过法律途径要求搭建者停止侵害、恢复原状、赔偿损失等。

四、特殊情况说明

如果搭建行为是在符合当地政策、经过相关部门批准或者属于临时搭建且符合规定的情况下进行的，那么可能具有一定的合法性。但这种情况需要满足严格的条件，并且需要有相关的批准文件作为依据。

建议：如果你已经搭建了这样的商铺，建议尽快向当地的规划、建设等部门咨询相关政策，看是否可以补办相关手续使其合法化；如果尚未搭建，一定要先了解清楚当地的规划和建设要求，取得必要的许可后再进行施工。如果你在处理这类房产问题上还有其他疑问，可以直接向我咨询。