城市综合体中十几平米的商铺有房产证是合法的，但这一合法性需满足多个条件，以下从不同角度为你详细分析：
合法性基础
规划与建设合规：
- 商铺所在的城市综合体项目必须符合当地的城乡规划和土地利用规划。
- 项目建设需取得合法的建设用地规划许可证、建设工程规划许可证以及施工许可证等相关证件。
- 商铺的设计、施工等需符合国家及地方的相关建筑规范和安全标准。
产权登记合法：
- 商铺在建成后，需通过相关部门的竣工验收，并取得竣工验收备案证明。
- 开发商需按照相关规定，向不动产登记机构申请商铺的初始登记，即大证。
- 在初始登记完成后，开发商或业主可申请将商铺分割登记至各个业主名下，取得独立的房产证。
房产证的具体要求
面积与规划一致：
- 房产证上登记的商铺面积应与实际面积相符，且符合规划时的设计要求。
- 如果商铺面积过小（如十几平米），需确保该面积在规划时已被明确，且符合相关建筑规范和安全标准。
产权清晰无争议：
- 商铺的产权应清晰明确，无任何权属纠纷或争议。
- 在办理房产证前，需确保商铺的产权已经过合法的转移或登记手续，如通过买卖、继承、赠与等方式取得。
特殊情况与注意事项
分割销售与产权登记：
- 如果城市综合体中的商铺是分割销售的，需特别注意分割的合法性和合规性。
- 分割销售需符合当地的相关规定，如分割后的商铺需满足独立的通风、采光、消防等条件。
- 分割后的商铺需能够独立进行产权登记，取得独立的房产证。
商业用途与规划限制：
- 商铺的用途需符合规划时的设计要求，如商业用途、办公用途等。
- 如果商铺的用途与规划不符，可能无法办理房产证或面临后续的法律风险。
政策与法规变化：
- 房产证办理和商铺产权登记可能受到当地政策和法规的影响。
- 在办理房产证前，建议咨询当地的不动产登记机构或相关部门，了解最新的政策和法规要求。
法律建议
- 核实规划与建设手续：在购买商铺前，务必核实商铺所在项目的规划与建设手续是否齐全、合法。
- 审查房产证与合同：在签订购房合同前，仔细审查房产证上的信息与合同内容是否一致，确保产权清晰无争议。
- 咨询专业人士：如果对商铺的产权登记、房产证办理等流程存在疑问，建议咨询专业的律师或不动产登记机构的工作人员。
如果你在城市综合体商铺的房产证办理或产权登记过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律咨询和帮助，请随时向我咨询。