结论：在双方同意的情况下，对于人社处理决定中已由法院执行的员工工资，能否减少处理工资，需分情况讨论。

分析：

1. 执行程序中的和解与变更：

   • 在法院执行程序中，双方当事人（即员工和用人单位）确实有权通过和解的方式达成协议，对原生效法律文书（包括人社处理决定）所确定的义务进行变更。这种和解协议一旦得到法院的确认，即具有法律效力，可以替代原生效法律文书的内容。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，执行过程中，双方当事人可以自行达成和解协议。和解协议内容合法的，人民法院应当裁定中止执行，并将和解协议内容记入笔录，或由双方当事人签字、盖章后附卷。若和解协议履行完毕，人民法院则裁定终结执行。

2. 减少处理工资的具体操作：

   • 若双方希望减少人社处理决定中已由法院执行的员工工资，首先需达成书面和解协议，明确约定减少的金额、支付方式、支付时间等关键条款。
   • 随后，双方应将和解协议提交至执行法院，申请法院对和解协议进行审查并确认。法院在审查过程中，会关注和解协议是否自愿、合法，以及是否损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
   • 若法院确认和解协议有效，将裁定中止原执行程序，并按照和解协议的内容执行。若和解协议履行完毕，法院将裁定终结执行。

3. 注意事项：

   • 合法性审查：双方达成的和解协议必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。否则，法院将不予确认，并可能继续执行原生效法律文书。
   • 履行保障：和解协议达成后，双方应严格按照协议内容履行。若一方不履行或不完全履行和解协议，另一方有权申请法院恢复对原生效法律文书的执行。
   • 员工权益保护：在减少处理工资的过程中，应充分保障员工的合法权益。用人单位不得利用和解协议逃避或减轻其应承担的法律责任。

建议：

• 在双方同意减少处理工资的情况下，建议首先咨询专业律师，以确保和解协议的合法性和有效性。
• 和解协议应明确、具体，避免模糊或歧义条款，以减少后续纠纷的可能性。
• 在提交和解协议至法院前，双方应充分沟通，确保对协议内容无异议，并准备好相关证据材料以支持协议的合法性。

如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。