针对您提出的问题“不申请进京证交警扣押身份证合法吗”，首先需要明确的是，不申请进京证与交警扣押身份证之间并没有直接的关联，且交警扣押身份证的行为在一般情况下是不合法的。

一、关于进京证

进京证是外地车辆进入北京市六环路（不含）以内以及六环外个别路段行驶时需要办理的通行证件。未办理进京证进入上述区域，可能会面临交通管理部门的处罚，如罚款、扣分等，但这与扣押身份证无关。

二、关于交警扣押身份证的合法性

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国居民身份证法》的相关规定，公安机关在依法执行职务时，有权查验居民身份证，但查验并不等同于扣押。
   • 只有在特定情况下，如公民涉嫌犯罪、被依法执行拘留、逮捕等强制措施时，公安机关才有权扣押居民身份证。

2. 实际情况分析：

   • 不申请进京证并不构成犯罪行为，也不属于需要被采取强制措施的情形。
   • 因此，交警仅因未办理进京证而扣押身份证的行为，缺乏法律依据，是不合法的。

三、建议与措施

1. 如果您遇到此类情况：

   • 首先保持冷静，明确告知交警扣押身份证的行为是不合法的。
   • 要求交警出示相关法律依据或说明扣押身份证的具体原因。
   • 如果交警坚持扣押，您可以记录下交警的姓名、警号、执法时间、地点等信息，并向其上级部门或相关监督机构投诉。

2. 预防措施：

   • 提前了解并遵守北京市的交通管理规定，及时办理进京证等必要手续。
   • 随身携带居民身份证，但也要注意保护个人隐私和安全，避免在不必要的情况下出示身份证。

综上所述，不申请进京证交警扣押身份证的行为是不合法的。如果您遇到此类情况，应依法维护自己的合法权益。同时，也建议您提前了解并遵守相关交通管理规定，以避免不必要的麻烦。