围标串标已完工但未完全付款情形下，违法所得的计算需结合具体违法环节与收益性质综合判定，核心原则为“实际获取的不当经济利益”。以下分情况说明计算逻辑与法律依据：

1. 违法所得的认定范围：以“实际获利”为核心

根据《招标投标法实施条例》第六十七条及《行政处罚法》第二十八条，违法所得是指行为人通过围标串标行为实际获得的额外收益，包括但不限于：

• 直接收益：通过围标串标中标后，工程利润中超出正常竞争水平的部分（如通过抬高报价获取的超额利润）；
• 间接收益：如收取的“陪标费”“好处费”等非法收入；
• 已支付但应追缴的部分：即使工程款未完全支付，已收取的进度款中属于违法所得的部分仍需追缴。

关键点：若工程未完全付款，违法所得仅计算已实际到手的非法收益，但需注意，未支付的款项中若因围标串标导致合同无效或被撤销，后续可能无法主张合法支付，且已支付部分可能被全额追缴。

2. 计算方法：区分“成本扣除”与“全额追缴”

（1）若能明确区分合法成本与非法收益

• 公式：违法所得 = 实际收取款项 - 正常竞争下的合理成本
  示例：A公司通过围标中标工程，合同价1000万元，正常竞争下成本为800万元（含材料、人工等），但通过串标抬高报价至1000万元，实际利润200万元。若已收取500万元工程款，则违法所得为：500万 - （800万×50%）= 100万元（按比例分摊成本）。
  依据：部分地方性法规（如《XX省招标投标条例》）明确，违法所得计算可扣除合理成本，但需由行为人举证。

（2）若无法区分或行为人拒不配合

• 原则：采取“全额追缴”模式，即已收取的全部款项均视为违法所得。
  示例：B公司围标中标后，无法提供合法成本证据，或故意隐瞒成本，则已收取的300万元工程款可能被全额认定为违法所得。
  依据：《行政处罚法》第二十八条强调“当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收”，未要求必须扣除成本。

3. 未付款部分的法律后果：合同效力与款项追索

• 合同效力：围标串标导致中标无效（《招标投标法》第五十三条），已签订的工程合同可能被认定无效，未付款部分可能无法通过合法途径主张。
  
• 例外情形：若工程已完工且质量合格，法院可能参照合同约定折价补偿（《民法典》第七百九十三条），但补偿范围仅限于“合理成本+必要利润”，超出部分仍可能被追缴为违法所得。

4. 实务建议：主动配合调查与举证

• 行为人角度：若被调查，应尽快整理合法成本证据（如采购合同、工资单等），争取按“实际获利”计算违法所得，降低追缴金额。
  
• 执法机关角度：若行为人拒不配合，可依据银行流水、合同条款等间接证据推定违法所得，甚至采取“全额追缴”的保守方案。

总结：违法所得的计算需结合“实际收款”“成本证据”“合同效力”三要素，核心是剥离合法收益，锁定非法获利。若涉及具体案件，建议提供工程合同、付款凭证、成本明细等材料，以便进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询细节。