针对您提出的“工程完工后发现串标怎么处理施工款项”的问题，这是一个涉及工程招投标法律与实务的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，串标是一种违法行为，它破坏了招投标活动的公平性和公正性。在工程完工后发现串标，招标人应当采取以下措施：

1. 收集证据：

   • 招标人应及时收集与串标行为相关的证据，如投标文件雷同、投标报价异常一致等。这些证据是后续投诉和调查的基础。

2. 向行政监督部门投诉：

   • 招标人应向相关的行政监督部门（如当地的建设工程招投标管理办公室）投诉，并提交收集到的证据。行政监督部门会对此进行调查。

3. 等待调查结果：

   • 行政监督部门在调查过程中，会核实证据，并可能要求串标者提供解释或反驳。如果调查结果证实存在串标行为，那么中标将被认定无效。

4. 处理串标者：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，串标者可能会被处以中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
   • 如果有违法所得，串标者的违法所得将被没收。
   • 情节严重的，串标者可能会被取消一年至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格，并予以公告。
   • 在极端情况下，串标者的营业执照可能会被吊销，甚至构成犯罪的，将依法追究刑事责任。

5. 处理施工款项：

   • 由于串标行为导致中标无效，因此与串标者签订的施工合同也可能被视为无效合同。
   • 在这种情况下，招标人通常不需要向串标者支付施工款项，或者可以要求串标者返还已支付的款项。
   • 如果工程已经完工且质量合格，招标人可能需要与串标者（或其合法继承人、接收人等）协商解决施工款项的支付问题，但这通常是在法律框架内进行的，且可能涉及复杂的法律程序和争议解决机制。

6. 重新招标：

   • 为了保障招投标活动的公平性和公正性，招标人可以要求重新招标。在重新招标过程中，应确保所有投标者都遵守招投标法律法规，避免再次出现串标等违法行为。

综上所述，工程完工后发现串标是一个复杂而敏感的问题。招标人应及时收集证据、向行政监督部门投诉、等待调查结果、处理串标者，并根据法律框架和实际情况处理施工款项问题。同时，为了保障招投标活动的公平性和公正性，招标人可以考虑重新招标。希望这些解答能对您有所帮助。