结论：轻伤二级若被立为行政案件，派出所程序可能违法，但需结合具体案情判断。以下从不同角度详细分析：
一、轻伤二级的法律性质与案件类型
根据《中华人民共和国刑法》及《人体损伤程度鉴定标准》，轻伤二级属于刑事案件范畴，通常涉及故意伤害罪等刑事犯罪。在司法实践中，轻伤二级的案件一般由公安机关刑事侦查部门负责立案侦查，而非行政案件的处理部门。
二、派出所处理轻伤二级案件的程序要求
立案管辖：
- 派出所作为基层公安机关，主要负责治安案件的查处和部分刑事案件的初查工作。对于轻伤二级的案件，派出所应当初步调查后，认为构成犯罪的，及时将案件移送至刑事侦查部门立案侦查，而非直接作为行政案件处理。
程序合法性：
- 如果派出所将轻伤二级案件立为行政案件，可能违反了刑事案件与行政案件的立案管辖规定。行政案件主要处理违反治安管理行为，而轻伤二级已构成刑事犯罪，应适用刑事诉讼程序。
三、可能存在的例外情况
案件性质认定错误：
- 在某些情况下，派出所可能因初步调查不充分或证据不足，误将轻伤二级案件认定为治安案件。这种情况下，如果后续调查发现构成犯罪，派出所应当及时纠正并移送刑事侦查部门。
当事人和解或调解：
- 对于轻伤二级案件，如果双方当事人达成和解或调解协议，且符合相关法律规定，派出所可能根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对案件进行调解处理。但这种情况并不改变案件本身的刑事性质，只是作为处理方式的一种选择。且调解需在双方自愿、合法的基础上进行，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
四、法律建议与后果
法律建议：
- 如果您认为派出所将轻伤二级案件立为行政案件的程序违法，可以向上一级公安机关或检察机关提出申诉或控告，要求依法处理。
- 同时，您可以咨询专业律师，了解案件的具体情况和法律程序，以便更好地维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果派出所确实存在程序违法的情况，相关责任人员可能面临内部纪律处分或法律责任。
- 对于案件本身，如果因程序违法导致证据收集不全或处理不当，可能影响案件的公正处理。因此，及时纠正程序违法问题至关重要。
进一步思考：在处理轻伤二级案件时，派出所应严格遵守刑事案件与行政案件的立案管辖规定，确保案件处理的合法性和公正性。如果您对案件处理程序有疑问或认为存在违法行为，请及时向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。