结论前置：被挂靠公司明知借款用于违法挂靠项目时，该借款协议通常会被认定为无效。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律后果角度
合同无效：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》的相关精神，若出借人（在此情境下可理解为被挂靠公司，若其作为资金提供方或实质参与借贷关系）事先知道或应当知道借款人借款用于违法犯罪活动（如违法挂靠项目可能涉及的非法经营、行贿受贿等）仍提供借款，人民法院将认定该民间借贷合同无效。这意味着，一旦合同被认定无效，被挂靠公司无法通过法律途径要求借款人（实际挂靠方）按照原协议偿还借款。
法律责任：
- 被挂靠公司作为明知借款用途的一方，可能因涉及非法活动的借贷行为而受到法律制裁。虽然直接的法律责任可能因具体案情而异，但包括但不限于训诫、责令具结悔过、收缴进行非法活动的财物和非法所得，以及可能的罚款、拘留等行政处罚。若挂靠项目构成犯罪，被挂靠公司还可能因共同犯罪或帮助犯罪等被追究刑事责任。
二、风险防范角度
资金损失风险：
- 由于借贷合同无效，一旦实际挂靠方不还款，被挂靠公司将无法通过法律途径追回借款，从而导致资金损失。这种损失可能是巨大的，特别是当挂靠项目涉及较大金额时。
法律风险：
- 被挂靠公司可能因参与或知情不报非法活动而面临法律调查。在调查过程中，公司可能需要配合提供大量资料，甚至可能被要求暂停业务活动，这将对公司的正常运营造成严重影响。
- 若被挂靠公司被认定为共同犯罪或帮助犯罪，还将面临刑事责任的追究，这将对公司的声誉和未来发展造成不可估量的损失。
三、法律建议角度
拒绝参与：
- 被挂靠公司应坚决拒绝参与任何违法挂靠项目的借贷活动。一旦发现挂靠方有违法倾向或行为，应立即停止合作，并报告相关部门。
核实借款用途：
- 在与挂靠方进行任何资金往来前，被挂靠公司应对借款用途进行严格审查。可以通过要求挂靠方提供项目合同、政府批文等文件来核实项目的合法性。同时，还可以咨询专业律师或相关机构，以确保借款用途的合法合规。
完善内部管理：
- 被挂靠公司应建立健全内部管理制度，明确禁止参与任何违法活动。同时，加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。
举例说明：假设某被挂靠公司明知挂靠方计划将借款用于非法经营活动（如无证经营、销售假冒伪劣产品等），但仍提供借款支持。在此情况下，若挂靠方因非法经营活动被查处，被挂靠公司不仅无法追回借款，还可能因共同犯罪或帮助犯罪被追究法律责任。
进一步思考：在实际操作中，被挂靠公司应如何有效防范此类风险？除了上述建议外，还可以考虑与挂靠方签订详细的合作协议，明确双方的权利义务和违约责任。同时，定期对挂靠项目进行审计和检查，确保项目的合法合规运营。
总之，被挂靠公司明知借款用于违法挂靠项目时，该借款协议通常无效，且公司可能面临严重的法律后果和资金损失。因此，公司应坚决拒绝参与任何违法活动，并加强内部管理和风险防范。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。