履约保证金按日万分之五计算是否过高，不能一概而论，需结合具体情况综合判断。以下从多个角度进行分析：
法律规定与基本原则
根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，判断履约保证金（在此可视为一种违约金形式）是否过高，应基于实际损失，并兼顾合同履行情况、当事人过错程度及预期利益等因素，遵循公平原则和诚实信用原则。
具体分析因素
实际损失：
- 履约保证金的金额应与因违约造成的实际损失大致相当。若按日万分之五计算的履约保证金明显高于实际损失（通常认为超过损失的30%即为“过分高于”），则可能被认定为过高。例如，在一个小标的合同中，轻微的延迟交付可能导致的实际损失较小，而按日万分之五计算的履约保证金可能远高于这一损失，此时就可能显得不合理。
合同履行情况与过错程度：
- 若违约方已大部分履行合同，仅因不可抗力或轻微疏忽导致部分违约，并能及时采取措施减少损失，那么高额的履约保证金可能不合理。反之，若违约行为导致对方重大经济损失，如错过商业机会或生产停滞，那么按日万分之五计算的履约保证金可能是合理的补偿。
预期利益：
- 履约保证金的设定还应考虑守约方的预期利益。若违约行为严重损害了守约方的预期利益，如导致合同无法继续履行或需要重新寻找合作伙伴等，那么较高的履约保证金可能是合理的补偿。
行业惯例：
- 在某些特殊行业或特定合同中，由于交易风险高、资金占用成本大等原因，较高的履约保证金可能是行业惯例。若这些惯例被广泛接受并遵循，那么按照惯例设定的履约保证金通常不会被认为是过高的。
计算方式与合理性：
- 按日万分之五计算履约保证金，意味着每天需要支付合同金额万分之五的金额作为保证金。这种计算方式是否合理，还需考虑合同的总金额、履行期限以及违约可能带来的损失等因素。例如，对于一个长期合同，按日计算可能导致累积的履约保证金过高；而对于一个短期合同，则可能相对合理。
应对措施与建议
- 协商调整：若认为按日万分之五计算的履约保证金过高，可与对方协商降低金额或调整计算方式。
- 法律途径：若协商不成，可寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据实际情况和法律规定来判断履约保证金是否过高，并作出相应裁决。
示例说明：
假设一个合同总金额为100万元，履行期限为30天。若按日万分之五计算履约保证金，则每天需要支付500元（100万*0.0005），30天共需支付1.5万元。若实际损失仅为几千元，那么这1.5万元的履约保证金就可能显得过高。此时，违约方可以与对方协商降低金额或调整计算方式；若协商不成，则可以寻求法律援助。
综上所述，履约保证金按日万分之五计算是否过高需综合考虑多种因素。在实际应用中，应根据具体情况进行灵活判断，并确保履约保证金的设定符合法律法规和行业惯例。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。