内部承包协议若被认定无效，处理方式需结合无效原因、合同履行情况及双方过错程度综合判断。以下是具体处理原则和步骤：

1. 返还财产或折价补偿
   根据《民法典》第157条，协议无效后，双方应返还因协议取得的财产；无法返还或无必要返还的，应折价补偿。例如：

   • 若承包方已投入资金或设备，发包方需返还对应价值；
     
   • 若发包方已提供场地或资源，承包方需按实际使用情况补偿费用。

2. 过错方赔偿损失
   若一方对协议无效存在过错（如故意隐瞒资质、违反法律强制性规定），需赔偿对方因此遭受的损失。例如：

   • 发包方未取得合法经营权却签订承包协议，需赔偿承包方因协议无效导致的预期利益损失；
     
   • 承包方伪造资质骗取承包权，需赔偿发包方因合同无效产生的直接经济损失。

3. 工程或业务成果的处理
   若承包协议涉及在建工程或业务运营，需根据《民法典》第793条处理：

   • 建设工程类：若工程经验收合格，承包方可请求参照合同约定支付工程价款；若验收不合格，需修复至合格后主张价款，或由发包方自行修复并扣减费用。
     
   • 经营业务类：若承包方已开展业务并产生收益，需按实际投入和贡献比例分配利润；若因协议无效导致业务中断，需协商补偿停业损失。

4. 员工和第三方权益保护

   • 若承包协议涉及员工劳动关系转移，需按《劳动合同法》处理：原劳动合同继续有效，由发包方或承包方承接劳动关系，避免因协议无效导致员工权益受损。
     
   • 若协议履行中涉及第三方合作（如供应商、客户），需及时通知第三方协议无效情况，协商解除或变更合作条款，减少纠纷风险。

建议行动步骤：

1. 固定证据：收集协议文本、履行记录（如付款凭证、工作成果）、沟通记录等，证明双方实际履行情况及过错程度；
   
2. 协商解决：优先与对方协商返还财产、补偿损失等方案，降低诉讼成本；
   
3. 诉讼或仲裁：若协商无果，可依据协议约定或法律规定，向法院起诉或申请仲裁，主张权利。
   

内部承包协议无效的处理需兼顾法律规则与商业实际，建议根据具体情形制定方案。若有进一步细节（如协议内容、无效原因等），可向我补充说明，我会为你提供更精准的分析。