结论：仲裁机构在一定条件下可以判定合同无效，这主要基于仲裁机构对合同纠纷的管辖权以及对合同效力进行审查的权力。但此权力的行使必须严格依据法律规定，且合同无效的判定会带来一系列法律后果。
仲裁机构判定合同无效的法律依据与前提条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第二条，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，均可通过仲裁方式解决。合同的效力问题作为合同纠纷的一部分，自然也在仲裁机构的受理范围之内。
前提条件：
- 存在有效的仲裁协议：这是仲裁机构受理案件的基础。当事人需在合同中预先约定仲裁条款，或在纠纷发生后达成仲裁协议，明确将合同争议提交给特定仲裁机构。该协议应包含请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会等关键要素。
- 属于仲裁机构受理范围：仲裁机构会依据法律法规和自身规则确定是否受理确认合同无效的申请。通常，只要是平等主体间的合同纠纷且不涉及不能仲裁的事项（如婚姻、收养等涉及人身关系的纠纷），仲裁机构均可受理。
仲裁机构判定合同无效的具体流程与条件
申请与受理：
- 一方当事人根据仲裁协议向约定的仲裁机构提出确认合同无效的申请，并提交相关证据。
- 仲裁机构对申请进行审查，符合受理条件的予以受理并通知双方当事人。
组成仲裁庭：
- 仲裁机构根据案件情况组成仲裁庭，通常由三名仲裁员组成，双方可各自选定或委托仲裁机构指定仲裁员。
审理与裁决：
- 仲裁庭审理案件，听取双方陈述、辩论，审查证据。
- 若当事人提出合同无效主张，且该主张符合法律规定的合同无效情形（如违反法律强制性规定、欺诈、胁迫等），仲裁庭有权作出合同无效的裁决。
- 裁决书中会明确说明合同无效的理由和法律依据。
仲裁机构判定合同无效的法律后果
- 合同效力消灭：合同一旦被确认无效，基于该合同产生的权利义务关系随之消灭。
- 法律责任承担：当事人可能需承担返还财产、赔偿损失等法律责任。例如，根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条的规定，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
注意事项与建议
- 准备充分证据：在申请仲裁确认合同无效时，当事人应充分准备相关证据和法律依据，以支持自己的主张。
- 遵循仲裁程序：不同的仲裁机构可能有不同的程序规则，当事人应仔细了解并遵循这些规则，以确保申请的合法性和公正性。
- 考虑诉讼与仲裁的选择：尽管仲裁机构在一定条件下可以判定合同无效，但鉴于合同效力认定的复杂性和重要性，如果当事人对合同效力有争议且希望通过正式的法律程序来确认合同的效力，他们也可以选择向有管辖权的人民法院提起诉讼。
示例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，但合同中约定的标的物属于国家禁止流通的物品。后来，双方因合同履行问题产生争议，甲方向约定的仲裁机构提出仲裁申请，请求确认合同无效。仲裁机构在审理过程中发现合同确实存在违反法律强制性规定的情形，因此作出了合同无效的裁决。根据裁决结果，甲乙双方需承担相应的法律责任，如返还已支付的款项、赔偿因此造成的损失等。
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