关于补工时请假工资的扣除问题，需结合具体情形分析，以下是详细解答：

1. 补工时与请假工资扣除的基本原则
   根据《工资支付暂行规定》及地方性法规，工资扣除需以“实际缺勤”为核心依据。若员工通过补工时（如调休、加班补足）已弥补请假时长，且未影响正常工作安排，原则上不应扣除工资；若未补足工时，则需按请假类型扣除相应工资。

2. 分情况讨论工资扣除规则

   • 情况一：补工时后未缺勤
     若员工在请假后通过调休、周末加班等方式补足工时，且用人单位已确认工时平衡（如通过考勤系统记录或书面确认），工资应全额发放，不得扣除。
     法律依据：《劳动法》第44条明确，休息日安排劳动者工作且未补休的，支付不低于工资200%的报酬；但若已补休，则无需支付加班费，反向印证补工时可抵消缺勤影响。

   • 情况二：未补足工时且请假为事假
     若员工未补足工时且请假性质为事假（无薪假），用人单位可按实际缺勤天数扣除日工资。
     计算方式：日工资=月工资÷21.75天（月计薪天数），扣除金额=日工资×缺勤天数。
     注意：扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

   • 情况三：未补足工时且请假为病假、年假等有薪假
     若请假性质为病假（需提供医疗证明）、年假等法定有薪假，用人单位不得扣除工资，仍需按原工资标准支付。
     例外：部分地区规定病假工资可按一定比例支付（如北京规定病假工资不低于最低工资标准的80%），但此与“补工时”无关，属独立规则。

3. 用人单位操作要点

   • 制度明确：需在劳动合同或规章制度中明确“补工时规则”（如补工时期限、方式），并经民主程序公示，否则可能被认定为无效条款。
     
   • 记录留存：保留员工补工时的考勤记录、调休申请单等证据，避免纠纷时举证不能。
     
   • 协商优先：若员工因客观原因无法补工时，建议协商解决（如延期补工时、部分扣除工资），而非单方强制扣款。

4. 员工维权建议
   若用人单位违法扣除工资，员工可：

   • 与单位协商要求补发；
     
   • 向当地劳动监察大队投诉（时效2年）；
     
   • 申请劳动仲裁（需在纠纷发生后1年内提出）。

总结：补工时后是否扣工资，关键看是否实际缺勤及请假类型。建议双方通过书面协议明确规则，避免争议。如有具体案例，可进一步提供细节，我会为您分析合规性。