结论：员工在不知道公司调查的情况下，是否应该辞职不能一概而论，需要结合调查的性质、目的、合法性以及员工个人的职业规划、对公司的信任度等多方面因素来综合考虑。以下是从不同角度为你进行的分析：
一、公司调查的合法性与合理性
合法调查：
- 如果公司的调查是合法的，比如针对员工违规行为的内部调查，且调查过程遵循了公司规章制度和法律法规，那么员工应该配合调查。在这种情况下，辞职可能并不是最佳选择，因为辞职可能意味着放弃了澄清事实、证明自己清白的机会。
- 法律依据：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位有权对员工进行必要的调查，但调查必须合法、合规，不得侵犯员工的合法权益。
非法调查：
- 如果公司的调查是非法的，比如侵犯员工隐私、进行非法搜查等，员工有权拒绝配合，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。在这种情况下，如果员工对公司的信任度已经严重受损，且认为继续留在公司无法保障自己的合法权益，那么辞职可能是一个合理的选择。
二、员工个人职业规划与对公司的信任度
职业规划：
- 员工应该考虑自己的职业规划和发展前景。如果公司的调查对员工的职业发展没有实质性影响，且员工认为公司仍然是一个值得长期发展的平台，那么辞职可能并不是明智之举。
- 反之，如果员工认为公司的调查已经对自己的职业发展造成了负面影响，或者员工对公司未来的发展前景持悲观态度，那么辞职可能是一个更好的选择。
对公司的信任度：
- 员工对公司调查的信任度也是一个重要的考虑因素。如果员工认为公司的调查是公正、透明的，且愿意给自己一个澄清事实的机会，那么辞职可能并不是必要的。
- 如果员工对公司的调查持怀疑态度，认为公司可能存在不公正、不透明的行为，且这种怀疑已经严重影响了员工对公司的信任度，那么辞职可能是一个合理的选择。
三、法律建议与行动指南
了解调查详情：
- 在决定是否辞职之前，员工应该尽可能了解调查的详情，包括调查的目的、范围、方式等。这有助于员工更准确地判断调查的合法性和合理性。
咨询专业意见：
- 如果员工对调查的合法性或合理性存在疑问，或者认为自己的合法权益受到了侵犯，可以寻求专业律师的意见。律师可以根据具体情况为员工提供法律建议和行动指南。
谨慎决定辞职：
- 辞职是一个重要的决定，员工应该谨慎考虑。在决定辞职之前，员工应该评估自己的经济状况、职业规划、对公司的信任度等多方面因素，确保辞职是出于理性考虑而非冲动行为。
最后，员工在不知道公司调查的情况下是否应该辞职，需要综合考虑多方面因素。如果你对此仍有疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见和帮助。