解除劳动合同协议书中涉及工资、加班费、年休假等条款的处理方式需根据具体情况确定，核心原则是确保劳动者权益不受侵害且协议内容合法有效。 以下是具体分析：

1. 工资与加班费的处理
   根据《劳动合同法》第三十条，用人单位必须足额支付劳动报酬，包括基本工资、绩效、奖金及加班费。若协议中约定“工资已结清”，需注意：

   • 若用人单位确实已支付全部工资（含加班费），劳动者签字后一般难以再主张；
     
   • 若存在未支付或克扣情况，劳动者可拒绝签字，并要求用人单位补足差额，否则可能面临行政处罚（如劳动监察部门责令支付）或被迫支付赔偿金（如《劳动合同法》第八十五条）。
     建议：劳动者在签署前核对工资条、考勤记录及银行流水，确保无遗漏；若对金额有异议，可要求用人单位书面说明计算依据。

2. 年休假未休的处理
   根据《职工带薪年休假条例》第五条，用人单位未安排年休假或未支付未休年休假工资的，需按日工资300%支付报酬（含正常工资，即额外支付200%）。若协议中约定“放弃年休假权利”或“已支付年休假工资”，需注意：

   • 放弃年休假需劳动者书面同意，且用人单位需支付正常工资；
     
   • 若未支付300%工资，劳动者可主张差额，协议条款可能因违反强制性规定而无效。
     建议：劳动者要求用人单位提供年休假计算明细，确认是否已足额支付；若未支付，可拒绝签署相关条款或要求补充约定。

3. 协议整体合法性审查
   解除劳动合同协议需符合《劳动合同法》第三十六条（协商解除）或第四十六条（经济补偿情形），且不得包含“免除用人单位法定责任、排除劳动者权利”的条款（如《劳动合同法》第二十六条）。例如：

   • 若用人单位未支付经济补偿却要求劳动者放弃追索权，该条款无效；
     
   • 若协议内容显失公平（如劳动者被迫接受极低补偿），劳动者可申请撤销。
     建议：劳动者签署前仔细阅读协议，重点关注“权利放弃”条款；若对条款合法性存疑，可要求用人单位修改或补充说明。

总结：解除劳动合同协议中涉及工资、加班费、年休假的条款，需以“足额支付”为前提。劳动者若对金额或条款有异议，应拒绝签署并要求用人单位修正；若已签署但发现权益受损，可依法申请劳动仲裁或提起诉讼。如有具体协议文本或争议细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。