在行政案件中，双方都有管辖权时，并非简单地遵循“谁先发现谁查处”的原则。实际上，行政案件的管辖权确定是一个相对复杂的过程，它涉及多个因素和法律规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、行政案件管辖权的基本原则

行政案件的管辖权通常根据行政机关的职权范围、地域管辖、级别管辖等因素来确定。在一般情况下，行政案件由违法行为发生地的行政机关管辖。然而，当存在多个行政机关都有管辖权的情况时，就需要进一步明确管辖权的归属。

二、双方都有管辖权时的处理原则

1. 协商管辖：

   • 当两个或两个以上的行政机关对同一违法行为都有管辖权时，首先可以尝试通过协商的方式确定管辖权。这有助于避免管辖权争议，提高行政效率。

2. 共同上级行政机关指定管辖：

   • 如果协商不成，或者协商后无法达成一致意见，那么可以报请共同的上一级行政机关指定管辖。这是解决管辖权争议的一种有效方式，能够确保案件得到公正、及时的处理。

3. “谁先发现谁查处”并非法定原则：

   • 需要注意的是，“谁先发现谁查处”并不是法律规定的行政案件管辖权确定原则。在实际操作中，不能仅凭发现时间的先后顺序来确定管辖权。

三、相关法律依据

• 根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规的规定，行政案件的管辖权应当根据违法行为发生地、行政机关的职权范围等因素来确定。
• 在存在管辖权争议的情况下，应当通过协商或报请共同上级行政机关指定管辖的方式来解决。

四、实际操作建议

• 明确管辖权归属：在行政案件发生后，相关行政机关应当首先明确自己是否具有管辖权，以及是否存在其他行政机关也有管辖权的情况。
• 加强沟通协调：如果存在多个行政机关都有管辖权的情况，相关行政机关应当加强沟通协调，尝试通过协商的方式确定管辖权。
• 依法报请指定管辖：如果协商不成，或者协商后无法达成一致意见，那么应当依法报请共同的上一级行政机关指定管辖。

总结来说，在行政案件中，双方都有管辖权时，并非简单地遵循“谁先发现谁查处”的原则。而是应当根据相关法律法规的规定，通过协商或报请共同上级行政机关指定管辖的方式来确定管辖权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。