在行政案件中，若两个市的县级法院均具有管辖权，通常按照“原告就被告”原则或根据具体案情由共同上级法院指定管辖，具体处理方式如下：

1. 优先适用“原告就被告”原则
   根据《行政诉讼法》第18条，行政案件一般由最初作出行政行为的行政机关所在地法院管辖。若两个县级法院分别属于不同市，但均因被告所在地或行政行为发生地获得管辖权（例如被告在A市甲县，行政行为发生在B市乙县），此时原告可向其中任一法院起诉。若原告选择向其中一个法院起诉，该法院应依法受理，不得以无管辖权为由拒绝。

2. 共同上级法院指定管辖的例外情形
   若两个法院因管辖权争议（如均认为对方应管辖）或案件涉及跨区域重大影响，可由它们的共同上级法院（如省级法院）指定管辖。例如，A市甲县与B市乙县法院对管辖权有争议，可报请省高级法院裁定由其中一法院审理，或指定其他法院管辖。指定管辖的目的是避免推诿或冲突，确保案件高效审理。

3. 特殊地域管辖的补充适用
   若案件涉及不动产（如土地征收、房屋拆迁），根据《行政诉讼法》第20条，由不动产所在地法院专属管辖。此时即使被告所在地在其他县级法院，也需以不动产所在地法院为准。例如，争议土地位于A市甲县，即使被告在B市乙县，仍由甲县法院管辖。

建议行动：

• 若您作为原告，可优先选择被告所在地或行政行为发生地的县级法院起诉，并保留相关证据（如行政行为文书、被告主体信息）；
  
• 若法院以管辖权为由拒收材料，可要求其出具书面裁定，并在收到后10日内向上一级法院上诉；
  
• 若案件涉及跨区域复杂因素（如多个行政机关联合执法），建议委托律师协助分析管辖权依据，避免程序延误。
  

法律依据：

• 《行政诉讼法》第18条、第20条、第22条（指定管辖）；
  
• 《最高人民法院关于适用〈行政诉讼法〉的解释》第8条（共同管辖规则）。
  

如有具体案情或管辖权争议细节，可进一步向我说明，我将结合证据材料提供针对性分析。