结论：合同中约定定金9万，但公司实际只收到5万，这样的合同条款本身并不因定金数额与实际收取数额不一致而直接违法，但定金数额的约定需符合法律规定，且实际交付的定金数额与合同约定不一致时，可能影响定金罚则的适用。
详细分析：
定金数额的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十六条：“定金的数额由当事人约定，但是，不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。实际交付的定金数额多于或者少于约定数额的，视为变更约定的定金数额。”
- 这意味着，如果合同标的额足够大，使得9万定金不超过其百分之二十，那么合同中约定9万定金是合法的。但如果9万超过了合同标的额的百分之二十，则超过部分不产生定金的效力。
实际交付与合同约定的不一致：
- 在您的情况下，合同中约定了9万定金，但公司实际只收到了5万。根据法律规定，这可以视为双方对定金数额的变更，即实际定金数额为5万。
- 这种变更不影响合同的效力，但会影响定金罚则的适用。定金罚则是指，如果给付定金的一方不履行约定的债务的，无权要求返还定金；收受定金的一方不履行约定的债务的，应当双倍返还定金。由于实际交付的定金是5万，所以定金罚则的适用也将基于这5万进行。
可能的法律后果：
- 如果合同双方对定金数额的变更没有异议，且合同其他条款也得到有效执行，那么合同将继续有效，双方应按照变更后的定金数额（即5万）来履行相关义务。
- 如果一方对定金数额的变更提出异议，或者因定金数额问题导致合同无法履行，那么双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议。
建议：
- 审查合同标的额：首先确认合同标的额，以判断9万定金是否超过了其百分之二十。如果超过了，建议调整定金数额以符合法律规定。
- 明确变更条款：如果双方同意将定金数额变更为5万，建议在合同中或通过补充协议明确这一变更，以避免未来可能出现的争议。
- 保留交付证据：确保保留好定金交付的证据，如银行转账记录、收据等，以便在需要时证明实际交付的定金数额。
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