行政执法案件立案时，一般不可以同时有两个案由，但存在特殊情况下的合并处理。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则：一案一由
在行政执法实践中，通常遵循“一案一由”的原则。这意味着，对于每一个具体的行政执法案件，应当根据其违法行为的性质、情节和后果等因素，确定一个主要的案由进行立案查处。这样做有助于明确执法目标，提高执法效率，确保案件处理的公正性和准确性。
二、特殊情况：合并处理
尽管“一案一由”是基本原则，但在某些特殊情况下，也可能存在合并处理多个案由的情形。这主要发生在以下两种情况：
违法行为具有关联性：当多个违法行为之间存在紧密的关联，且这些违法行为共同构成了案件的核心事实时，行政执法机关可能会考虑将这些违法行为合并为一个案件进行查处。在这种情况下，虽然表面上看起来有多个“案由”，但实际上它们都是围绕同一个核心事实展开的，因此可以视为一个案件的多个方面。
法律或法规有特别规定：在某些特定的法律或法规中，可能明确规定了对于某些特定类型的违法行为，可以合并处理多个案由。这种情况下，行政执法机关需要严格按照法律或法规的规定进行操作。
三、实际操作中的注意事项
明确案由的确定标准：行政执法机关在立案时，应当根据违法行为的性质、情节和后果等因素，明确案由的确定标准。这有助于确保案件处理的公正性和准确性，避免因为案由确定不当而引发的争议和纠纷。
严格遵守法律程序：在合并处理多个案由时，行政执法机关必须严格遵守法律程序，确保当事人的合法权益得到充分保障。这包括告知当事人合并处理的原因、依据和程序等，以及听取当事人的陈述和申辩等。
注重案件处理的效率和质量：无论是单一案由还是合并处理多个案由，行政执法机关都应当注重案件处理的效率和质量。这要求执法人员具备扎实的法律知识和丰富的实践经验，能够迅速准确地判断案件的性质和情节，并采取相应的执法措施。
四、法律后果与风险提示
如果行政执法机关在立案时错误地确定了案由或者合并处理了不应当合并的案由，可能会导致案件处理不当或者引发争议和纠纷。这不仅会损害当事人的合法权益，也会影响行政执法机关的公信力和形象。因此，行政执法机关在立案时应当谨慎对待案由的确定问题，确保案件处理的合法性和合理性。
如有任何关于行政执法案件立案或案由确定的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。