结论前置：企业签订合同后签订补充协议且金额减少的，印花税的计税依据原则上应以补充协议中减少后的金额为准，但需结合具体情形判断。以下从不同角度详细说明：

1. 印花税计税依据的基本原则

根据《中华人民共和国印花税法》第五条及《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发〔1991〕155号）的规定，印花税的计税依据为合同所载金额。若合同金额发生变更（如补充协议减少金额），应以变更后的金额作为计税依据。
法律依据：

• 《印花税法》第五条：“应税合同的计税依据，为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款。”
  
• 国税发〔1991〕155号文明确：“凡修改合同增加金额的，应就增加部分补贴印花；对已履行并贴花的合同，发现实际结算金额与合同所载金额不一致的，一般不再补贴印花。”
  推论：若补充协议减少金额，属于对原合同金额的变更，应以减少后的金额为计税依据，且无需对原已贴花部分申请退税或补贴印花。

2. 实务操作中的特殊情形

尽管法律原则明确，但实务中需注意以下细节：

• 合同变更的书面形式：补充协议需明确载明减少金额的内容，并由双方签字盖章确认。若仅口头约定或未形成书面文件，税务机关可能以原合同金额计税。
  
• 已贴花合同的处理：若原合同已按原金额贴花，补充协议减少金额后，无需对原已贴花部分申请退税或补贴印花。税务机关通常以最终合同金额为准，但企业需留存补充协议作为备查资料。
  
• 部分地区执行口径：部分地方税务局可能要求企业就合同金额变更提交说明材料（如情况说明、补充协议复印件等），以确认计税依据的调整。建议提前与主管税务机关沟通确认。

3. 风险提示与建议

• 风险点：若企业未及时调整计税依据，仍按原合同金额申报印花税，可能面临税务机关补征税款、滞纳金甚至罚款的风险。
  
• 建议操作：
  
  1. 签订补充协议时，明确载明“原合同金额XX元，现变更为XX元，减少金额XX元”；
     
  2. 留存补充协议原件及原合同复印件，作为税务申报的备查资料；
     
  3. 若涉及大额合同变更，可提前向主管税务机关咨询具体要求，避免后续争议。

4. 示例说明

假设企业A与企业B签订买卖合同，金额为100万元并已贴花。后双方签订补充协议，将金额减少至80万元。此时：

• 计税依据：应以80万元为准，无需对原100万元部分申请退税或补贴印花；
  
• 申报流程：在下一期印花税申报时，按80万元计算应纳税额（如合同性质适用税率0.03%，则应纳税额=80万元×0.03%=240元）。

总结：合同金额减少后，印花税应以补充协议变更后的金额为准，但需确保补充协议的合法有效性，并留存备查资料。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。