核心结论：若印花税按合同金额缴纳后，实际履约金额小于合同金额，通常有以下两种处理方式，具体需结合合同类型、税目及当地税务机关要求综合判断。

1. 已贴花合同金额减少，可申请退税或抵用

根据《中华人民共和国印花税法》及实施细则，若合同因各种原因（如解除、变更导致金额减少）导致实际结算金额低于已贴花金额，纳税人可向税务机关申请退还或抵用多缴的印花税。具体流程如下：

• 申请条件：需提供合同变更或解除的书面证明（如补充协议、终止协议）、原已贴花的完税凭证等材料。
• 操作方式：部分地区支持通过电子税务局提交退税申请，或携带纸质材料至办税服务厅办理。
• 注意事项：退税需在合同变更或解除后一定期限内（如1年内）提出，逾期可能无法办理。

2. 部分地区或税目可能不退税，需按实际结算金额补缴或调整

部分特殊合同或税目可能存在例外规定，例如：

• 借款合同：若实际放款金额小于合同金额，部分地区税务机关可能要求按实际放款金额补缴印花税（若原合同已按全额贴花，则无需重复缴纳）。
• 建筑安装工程承包合同：若工程因设计变更导致结算金额减少，需根据当地政策确认是否可退税或需按实际结算金额调整。
• 地方性政策差异：部分省份可能出台细化规则（如“多缴不退、下次抵用”），需以当地税务机关解释为准。

实务建议

1. 优先核对合同类型与税目：不同合同（如购销、借款、租赁）的印花税处理规则可能不同，需明确合同性质。
2. 保留完整证据链：包括合同原件、变更协议、付款凭证、完税证明等，以备税务机关核查。
3. 主动沟通税务机关：因各地执行口径存在差异，建议提前通过12366纳税服务热线或办税服务厅咨询具体要求。
4. 防范风险：若未及时调整导致少缴税款，可能面临补缴、滞纳金甚至罚款风险；若多缴未申请退税，则可能损失资金成本。

示例：
A公司与B公司签订100万元购销合同并已按全额贴花，后因质量问题实际结算80万元。A公司可凭终止协议、原完税凭证等材料，向税务机关申请退还20万元对应的印花税（100万×0.03% - 80万×0.03% = 60元）。

如有进一步疑问（如具体合同类型、地区政策差异等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。