结论：端午三天假期工厂只放两天，第三天没去上班是否算旷工，这主要取决于工厂的具体规章制度以及劳动合同中的相关约定，还有第三天是否为法定节假日或休息日。以下分情况详细说明：
若第三天为法定节假日：
- 根据《全国年节及纪念日放假办法》的规定，端午节是法定节假日，通常放假一天（若与周末连休则可能形成三天假期）。若工厂只放两天假，而第三天是法定的端午节假期，那么员工未上班不应被视为旷工。因为法定节假日是员工依法应享受的休息时间，工厂无权要求员工在此期间工作，员工也有权拒绝。
若第三天非法定节假日，但为休息日：
- 如果第三天是周末（休息日），且工厂因生产需要安排调休，将端午节假期与周末连休，但只明确放了两天假，而第三天实际上是调休后的休息日，那么员工未上班同样不应被视为旷工。因为休息日也是员工应享受的休息时间，除非工厂有特别规定且员工同意加班。
若第三天既非法定节假日也非休息日：
- 在这种情况下，如果工厂只放了两天假，而第三天是正常的工作日，员工未上班且没有合理的理由（如病假、事假等），那么根据工厂的规章制度和劳动合同的约定，员工的行为可能构成旷工。但前提是工厂必须已经明确告知了员工放假安排，并且该安排不违反法律法规的规定。
法律建议：
- 对于员工而言，应仔细阅读劳动合同和工厂的规章制度，了解自己的权利和义务。如果工厂的放假安排与法律法规或合同约定不符，员工有权提出异议并要求工厂改正。
- 对于工厂而言，应依法制定规章制度，明确放假安排和加班政策，并确保这些安排和政策不违反法律法规的规定。同时，工厂也应尊重员工的休息权，合理安排工作时间和休息时间。
可能的法律后果：
- 如果员工因工厂的不当放假安排而遭受损失（如工资扣减、纪律处分等），员工可以依法向工厂主张权利，要求工厂承担相应的法律责任。
- 如果工厂因员工未上班而擅自扣减工资或给予纪律处分，且该行为违反了法律法规或合同约定，工厂可能面临法律诉讼和行政处罚的风险。
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