结论：直接找老板跳过店长沟通克扣绩效问题，是否算越界不能一概而论，需结合公司管理架构、沟通惯例及具体情境综合判断。以下从不同角度展开分析：

一、从公司管理架构和权限分配角度

1. 若公司有明确层级汇报制度
   若公司《员工手册》或内部制度明确规定“绩效问题需先向直属上级（店长）反馈，再由店长汇总后向老板汇报”，则员工直接找老板可能违反内部流程。此时老板可能以“越级沟通”为由拒绝处理，甚至反责员工破坏管理秩序。
   法律依据：虽《劳动合同法》未直接规定沟通层级，但公司有权通过规章制度规范内部管理流程（需经民主程序公示）。若制度合法有效，员工需遵守。

2. 若公司无明确限制或鼓励直接沟通
   若公司文化开放，或老板曾表示“欢迎员工直接反馈问题”，则跳过店长沟通不构成越界。此时老板作为最终决策者，有权直接处理绩效争议。

二、从绩效克扣的合法性角度

无论是否越界，核心问题在于老板克扣绩效是否合法。根据《工资支付暂行规定》第15条，用人单位不得克扣工资，除非因员工原因造成经济损失且需赔偿，或经员工签字确认的绩效考核制度明确扣减规则。

• 若克扣无依据：员工可主张补发工资，并可依据《劳动合同法》第38条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除合同并要求经济补偿。
  
• 若克扣有依据：需核实制度是否经民主程序制定、是否公示或告知员工、考核结果是否经员工签字确认。若制度违法或程序瑕疵，克扣仍可能被认定无效。

三、从沟通策略角度

即使跳过店长不构成法律上的“越界”，也可能引发以下风险：

1. 激化内部矛盾：店长可能认为员工“不尊重上级”，影响后续工作配合；
   
2. 证据固定困难：直接找老板沟通时，若未留存书面记录（如邮件、聊天记录），后续维权可能缺乏证据；
   
3. 老板推诿：老板可能以“需店长先核实”为由要求员工回归流程，导致问题拖延。

四、建议行动步骤

1. 先核实制度依据：要求老板或店长出示绩效考核制度，确认克扣是否符合制度规定；
   
2. 留存沟通记录：无论通过何种渠道沟通，均以书面形式（邮件、短信）确认克扣原因、金额及依据；
   
3. 优先内部协商：若制度合法，可与店长沟通复核考核结果；若制度违法，直接向老板提出异议并要求补发；
   
4. 申请劳动仲裁：若协商无果，可向公司所在地劳动仲裁委申请仲裁，主张补发工资及经济补偿。

总结：直接找老板沟通本身不必然违法或越界，但需结合公司制度、沟通惯例及克扣合法性综合判断。建议优先通过书面形式固定证据，再根据制度合法性选择协商或仲裁路径。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。