结论：员工在休丧假三天期间，用人单位扣除其工资是不合法的。
法律背景与分析：
基本法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这一条款明确规定了员工在休丧假期间，其正常工资应当照发，不受影响。
- 劳动部《工资支付暂行规定》第十一条也进一步强调，劳动者依法享受年休假、探亲假、婚假、丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
丧假的具体规定：
- 当职工的直系亲属（包括父母、配偶和子女）去世时，职工有权申请一至三天的丧假。若职工需前往外地料理丧事，还可以根据路程远近获得额外的路程假。这一规定不仅适用于国营企业，在实践中，大多数非国有企业也参照执行，以保障职工的合法权益。
工资发放标准：
- 在批准的丧假期间，职工的工资应照发，途中的车船费等则由职工自理。这意味着，用人单位在员工休丧假期间，不得扣除其工资。
应对措施与建议：
友好协商：
- 如果用人单位在员工休丧假期间扣除了其工资，员工可以首先尝试与用人单位进行友好协商，指出法律规定并要求单位纠正错误做法，足额支付工资。
投诉举报：
- 若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并责令其改正，支付应得的工资。
劳动仲裁或诉讼：
- 如果投诉举报仍未解决问题，员工还可以选择申请劳动仲裁或提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的权益受到侵害，如劳动合同、工资条、请假条等。
特殊情况说明：
- 如果职工请假的天数超出了法律规定或单位规章制度所规定的丧假天数，企业有权按照规章制度对超出部分进行相应处理，如扣除超出期间的工资。但这种情况并不适用于正常的丧假天数内。
- 对于直系亲属范围之外的亲属去世，是否给予丧假以及如何支付工资，一般由企业根据自身的规章制度来决定。但即便如此，企业也应遵循公平、合理的原则，不得随意扣除员工工资。
综上所述，员工在休丧假三天期间，用人单位扣除其工资是不合法的。员工应了解自己的权益，并在遇到问题时积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。