结论：公司拖欠工资时，欠条上盖章是否有效需视具体情况而定，但一般来说，如果盖章行为符合法律规定且能代表公司意志，则欠条有效。
详细分析：
盖章的有效性：
- 公章或合同专用章：在欠条上加盖公司公章或合同专用章，通常能直接证明公司对拖欠工资事实的认可，这样的欠条具有较高的法律效力。
- 人事部章或其他部门章：如果欠条上仅盖有人事部章或其他非公章、非合同专用章，其法律效力则可能受到质疑。然而，如果公司有明确规定或习惯使用该部门章处理经济事务，或者能证明该盖章行为得到了公司的明确授权，那么该欠条仍有可能被认定具有法律效力。
欠条的有效条件：
- 双方真实意愿：欠条的出具必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形。
- 内容明确具体：欠条中应清晰写明欠款人（公司）、债权人（劳动者）、欠款金额、欠款原因（即拖欠工资的具体情况）、还款时间或支付计划等基本信息。
- 形式合规：欠条应以书面形式出具，并由双方签字或盖章确认。如条件允许，加盖公章或按手印可进一步增强其法律效力。
- 不违反法律法规：欠条的内容和形式均不得违反国家法律法规的强制性规定，如约定的工资支付条件不能低于法定标准。
实际操作建议：
- 尽量使用公章或合同专用章：为确保欠条的法律效力，劳动者应尽量要求公司在欠条上加盖公章或合同专用章。
- 收集其他证据：如果公司拒绝加盖公章或合同专用章，劳动者应尽可能收集其他相关证据，如工作记录、工资条、银行流水、同事证言等，以证明拖欠工资的事实。
- 及时维权：如果公司拖欠工资且拒绝出具有效欠条，劳动者应及时通过劳动仲裁或法律途径来维权。在此过程中，欠条、劳动合同及其他相关证据将发挥关键作用。
可能遇到的特殊情况及处理：
- 公司拒绝盖章或否认欠条：如果公司拒绝在欠条上盖章或否认欠条的真实性，劳动者可以凭借其他相关证据（如工作记录、工资条、银行流水等）来证明拖欠工资的事实，并通过法律途径来维权。
- 欠条内容存在争议：如果欠条内容存在争议（如欠款金额、还款时间等），双方应首先尝试通过协商或调解解决纠纷。如果协商或调解无果，可以寻求法律途径解决。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗等条件。因此，在欠条上盖章的行为也需满足这些条件才能被认定有效。
总结与建议：
在处理公司拖欠工资并出具欠条的问题时，劳动者应关注欠条上的盖章情况，并尽量要求公司加盖公章或合同专用章。同时，劳动者也应积极收集其他相关证据以备不时之需。如果遇到公司拒绝支付拖欠工资或其他违法行为，劳动者应及时通过法律途径来维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。