公司申请了工伤，40天了还没收到任何消息，可能存在以下几种情况：
工伤认定流程尚未完成：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，一般会在60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。因此，40天未收到消息，可能仍处于正常的认定流程中，尚未到达作出决定的时限。
材料提交不完整或存在争议：
- 如果公司提交的工伤认定申请材料不完整，或者存在事实不清、证据不足等情况，社会保险行政部门可能会要求公司补充材料或进行进一步调查。这可能导致认定流程延长，从而延迟了消息的反馈。
行政效率或内部流程问题：
- 社会保险行政部门在处理工伤认定申请时，可能因工作繁忙、人员变动等原因导致处理效率下降。此外，内部流程如审批、签字等环节也可能出现延误，从而影响了消息的及时反馈。
信息传递或通知方式问题：
- 社会保险行政部门在作出工伤认定决定后，会通过书面方式通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。如果通知方式存在问题，如邮寄地址错误、联系方式变更未更新等，也可能导致公司未收到相关消息。
针对以上情况，建议采取以下措施：
主动联系社会保险行政部门：
- 公司可以主动联系受理工伤认定申请的社会保险行政部门，了解认定流程的进展情况，询问是否需要补充材料或进行进一步调查。
检查并更新联系方式：
- 确保公司提供的联系方式（如邮寄地址、电话号码等）准确无误，并及时更新任何变更信息，以便社会保险行政部门能够及时通知相关消息。
耐心等待并关注进展：
- 如果确认认定流程仍在正常进行中，且材料提交完整无争议，那么公司可以耐心等待，并关注认定流程的进展情况。如有需要，可以定期向社会保险行政部门查询认定结果。
寻求法律帮助：
- 如果公司认为社会保险行政部门在处理工伤认定申请过程中存在违法行为或不当行为，或者长时间未收到任何消息且无法联系到相关部门，可以寻求法律帮助，咨询专业律师的意见，并考虑通过法律途径维护自身权益。
最后，需要强调的是，工伤认定是一个相对复杂的法律程序，涉及多个环节和因素。因此，在处理工伤认定申请时，公司需要保持耐心和配合，及时提供所需材料和信息，并关注认定流程的进展情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。