协议中双方约定的失效条款发生，并不直接导致整个协议失效。以下是对这一问题的详细分析：

1. 失效条款的性质与影响：

   • 失效条款通常是协议中的一部分，它规定了在某些特定条件下，该条款将失去效力。这种失效可能是暂时的，也可能是永久的，具体取决于条款的约定和实际情况。
   • 当失效条款发生时，它仅影响该条款本身的效力，而不会自动波及到协议中的其他条款。除非协议中有明确规定，或者失效条款是协议的核心条款，其失效导致整个协议的目的无法实现。

2. 协议的整体效力：

   • 协议的整体效力取决于其是否满足法律规定的生效条件，如双方意思表示真实、内容合法、不违反公序良俗等。
   • 即使某个条款失效，只要协议的其他部分仍然满足生效条件，且没有违反法律强制性规定，那么协议的整体效力通常不会受到影响。

3. 失效条款与协议解除的区别：

   • 失效条款的发生并不等同于协议的解除。协议的解除通常需要双方协商一致，或者符合法律规定的解除条件。
   • 如果因为失效条款的发生，导致一方无法履行协议的主要义务，且这种无法履行是永久性的，那么受损方可能有权根据法律规定或协议约定解除协议。但这并不是失效条款本身直接导致的，而是其引发的后果。

4. 实际操作中的建议：

   • 当遇到失效条款时，双方应首先审查协议中的其他条款，特别是关于失效条款发生后如何处理的约定。
   • 如果协议中没有明确规定，或者规定不明确，双方可以协商补充协议或寻求法律途径解决争议。
   • 在任何情况下，都建议双方保留好相关证据，如协议文本、沟通记录等，以便在需要时证明自己的权益。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份销售合同，其中约定了如果货物在运输过程中损坏，则该条款失效，且甲方需承担重新发货的责任。后来货物在运输过程中确实损坏了，但这并不意味着整个销售合同失效。只是该特定条款失效，甲方需要按照约定重新发货。

综上所述，协议中双方约定的失效条款发生，并不直接导致整个协议失效。双方应根据协议的具体内容和实际情况，妥善处理失效条款引发的问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。