结论：承包合同有明显修改瑕疵，法院可以立案；如果立案了，也不属于违法立案。以下从多个角度进行详细分析：

一、法院立案的标准

法院立案主要审查的是起诉是否符合法定条件，这些条件通常包括：

1. 原告是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织：这意味着起诉人必须是合同的一方或者与合同有直接关联，且因合同问题受到实际损害。
2. 有明确的被告：即被告的身份必须明确，能够被识别并送达法律文书。
3. 有具体的诉讼请求和事实、理由：起诉人需要明确提出其诉讼请求，如要求确认合同无效、要求赔偿损失等，并说明提出这些请求的事实和法律依据。
4. 属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖：即案件必须属于法院的受理范围，且应向有管辖权的法院提起诉讼。

承包合同有明显修改瑕疵，并不影响上述立案条件的满足。只要起诉人符合上述条件，法院就应当受理案件。合同修改瑕疵可能影响的是案件的实体审理结果，如合同的效力、双方的权利义务等，但并不影响立案的合法性。

二、合同修改瑕疵对案件审理的影响

虽然合同修改瑕疵不影响立案，但它确实可能对案件的实体审理产生重要影响。具体来说：

1. 合同效力的认定：如果合同修改存在瑕疵，如未经双方协商一致、违反法律强制性规定等，可能导致修改后的合同条款无效或部分无效。法院在审理时，会根据相关法律法规和合同条款的具体内容，对合同的效力进行认定。
2. 双方权利义务的确定：合同修改瑕疵还可能影响双方权利义务的确定。如果修改后的条款无效，那么双方的权利义务应按照修改前的合同条款或相关法律法规来确定。
3. 赔偿责任的承担：如果合同修改瑕疵导致一方遭受损失，那么修改方可能需要承担赔偿责任。法院在审理时，会根据双方的过错程度、损失大小等因素，确定赔偿责任的承担方式和范围。

三、立案后不属于违法立案的理由

1. 立案是法院的法定职责：法院受理案件是其法定职责之一，只要起诉符合法定条件，法院就应当受理。合同修改瑕疵并不构成法院不予受理的合法理由。
2. 立案审查不涉及实体审理：立案审查主要关注的是起诉是否符合法定条件，而不涉及案件的实体审理。因此，即使合同存在修改瑕疵，也不影响法院对起诉条件的审查。
3. 违法立案的认定标准：违法立案通常指的是法院在受理案件时违反了法律法规的规定，如超越管辖范围、违反立案程序等。而合同修改瑕疵并不属于这些情形之一。

建议：如果承包合同存在明显修改瑕疵，且因此引发纠纷，建议及时咨询专业律师，了解相关法律法规和诉讼程序，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。