公司合法的商业用地在符合相关规定的情况下，是可以自己进行建设的。以下从多个角度为你详细解释：

法律依据角度

根据《中华人民共和国民法典》以及《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，公司通过合法途径取得商业用地使用权后，在符合土地利用总体规划、城乡规划以及相关建设规划要求的前提下，有权对土地进行开发利用，包括自行建设建筑物、构筑物等。这里的关键在于“合法取得”和“符合规划”。合法取得意味着公司必须通过出让、转让等法定方式获得土地使用权，并办理了相应的土地使用权证书；符合规划则要求建设活动必须遵循当地政府制定的土地利用总体规划和城乡规划，确保建设项目的性质、规模、布局等符合规划要求。

规划许可角度

即使公司拥有了合法的商业用地使用权，要进行建设活动，还必须向当地城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。这是建设活动合法性的重要前提。规划主管部门会根据土地利用总体规划、城乡规划以及相关技术规范，对建设项目的申请进行审查，包括建设项目的选址、用地性质、建筑规模、建筑高度、建筑密度、绿地率等指标是否符合规划要求。只有获得建设工程规划许可证后，公司才能按照许可证的要求进行建设。

实际操作角度

在实际操作中，公司自行建设商业用地上的建筑物或构筑物，还需要考虑多个方面的因素。例如，建设项目的施工必须委托具有相应资质的建筑施工企业进行，确保施工质量和安全；建设过程中必须遵守环保、消防、人防等相关法律法规的要求，办理相应的审批手续；建设项目竣工后，还需要进行规划核实、消防验收、环保验收等专项验收，只有所有验收都合格后，建设项目才能投入使用。

特殊情况说明

如果公司取得的商业用地位于历史文化街区、风景名胜区等特殊区域，或者建设项目涉及文物保护、生态环境保护等特殊要求，那么建设活动还需要遵守更加严格的法律法规和规划要求。此外，如果公司计划对商业用地上的已有建筑物进行改建、扩建或拆除重建等建设活动，也必须按照相关规定办理相应的审批手续，确保建设活动的合法性和合规性。

建议：公司在计划自行建设商业用地上的建筑物或构筑物时，务必先了解清楚当地的土地利用总体规划、城乡规划以及相关建设规划要求，确保建设活动符合规划；同时，及时向当地城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证等审批手续，确保建设活动的合法性。如果在建设过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。