结论：因抽烟被扣奖金是否违法需分情况讨论，主要取决于公司规章制度是否合法合理、是否经过民主程序制定以及是否与劳动合同约定一致。具体分析如下：
若公司规章制度明确规定抽烟属于违纪行为，且该制度经过民主程序制定并公示，同时与劳动合同约定不冲突，则扣奖金可能合法。
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度中明确规定了抽烟属于违纪行为，并且该制度已经按照上述程序制定并公示，同时与劳动合同中的相关约定不冲突，那么公司依据该制度对员工进行扣奖金的处罚，可能被视为合法行为。
若公司规章制度未明确规定抽烟属于违纪行为，或制度制定程序不合法，或与劳动合同约定冲突，则扣奖金可能违法。
- 如果公司规章制度中未明确提及抽烟属于违纪行为，或者该制度未经民主程序制定、未公示，或者与劳动合同中的相关约定存在冲突，那么公司以此为由扣奖金可能缺乏合法依据。
- 在这种情况下，员工有权要求公司说明扣奖金的具体理由和依据，并可以依据《劳动合同法》等相关法律法规维护自己的合法权益。
还需考虑扣奖金的幅度是否合理。
- 即使公司规章制度合法且明确规定了抽烟属于违纪行为，但扣奖金的幅度也应当合理，不能过分高于员工因抽烟行为给公司造成的实际损失。
- 如果扣奖金的幅度明显不合理，员工同样可以依据相关法律法规提出异议，并要求公司进行调整。