结论：关于“土地交换种植40年，政府部门已征收8年，对方反悔，起诉法院是否有效”的问题，这取决于多个因素，包括土地交换种植的法律性质、征收程序的合法性以及反悔的具体理由等。以下我将从不同角度进行分析。
一、土地交换种植的法律性质
土地交换种植的协议性质：
- 如果双方之间有明确的书面或口头协议，约定了土地交换种植的相关条款，如交换期限、种植作物、收益分配等，那么这份协议在法律上具有一定的约束力。
- 然而，土地交换种植并不等同于土地买卖或租赁，它更多是一种基于互信和合作的农业生产方式。因此，在协议未明确约定违约责任或解除条件的情况下，一方反悔可能不直接导致法律上的违约责任，但可能涉及诚信原则和公平原则的问题。
土地交换种植与土地权属的关系：
- 土地交换种植并不改变土地的所有权或使用权归属。即使双方交换种植多年，土地的所有权或使用权仍属于原权利人。
- 因此，当政府部门征收土地时，征收的是原权利人的土地，而不是交换种植者的土地。交换种植者可能因征收而遭受损失，但这种损失应通过与原权利人协商或依据相关法律规定来寻求补偿。
二、政府部门征收的合法性
征收程序的合法性：
- 政府部门征收土地必须遵循法定程序，包括发布征收公告、进行土地现状调查、组织听证、签订征收补偿协议等。
- 如果政府部门在征收过程中未遵循法定程序，如未发布征收公告、未进行土地现状调查或未签订征收补偿协议等，那么征收行为可能被视为违法。
征收补偿的合理性：
- 政府部门在征收土地时，必须给予被征收人合理的补偿。补偿标准应依据当地相关法律法规和政策规定来确定。
- 如果被征收人认为补偿不合理或未得到充分补偿，可以通过法律途径来维护自己的权益。
三、对方反悔起诉法院的有效性
反悔的具体理由：
- 如果对方反悔是因为认为土地交换种植协议存在欺诈、胁迫或显失公平等情形，那么对方可以通过法律途径来请求撤销或变更协议。
- 如果对方反悔是因为政府部门征收土地导致其无法继续种植，那么对方应首先与原权利人协商解决补偿问题，而不是直接起诉法院。当然，如果协商无果，对方也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
起诉法院的可行性：
- 对方能否起诉法院以及起诉的可行性取决于其反悔的具体理由和证据是否充分。
- 如果对方能够提供充分的证据证明其反悔的理由成立，如协议存在欺诈、胁迫或显失公平等情形，或者政府部门征收行为违法等，那么法院可能会支持其诉讼请求。
- 然而，如果对方无法提供充分的证据或其反悔的理由不成立，那么法院可能会驳回其诉讼请求。
四、建议与措施
协商解决：
- 在对方反悔的情况下，首先建议双方通过协商来解决争议。协商可以更加灵活地处理双方之间的利益关系，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律援助：
- 如果协商无果或对方坚持起诉法院，建议及时寻求法律援助。可以咨询专业律师或法律援助机构来了解自己的权益和义务以及可能的法律后果。
准备证据材料：
- 在应对可能的法律纠纷时，建议提前准备相关的证据材料。如土地交换种植协议、政府部门征收公告、补偿协议等文件以及相关的证人证言等。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。