结论：法院对互换土地确权后对方承认却提起行政起诉的裁决结果，需结合具体案情判断，可能存在驳回起诉、撤销确权决定或确认违法等不同情形。以下分情况详细说明：

1. 若起诉不符合法定条件，法院将裁定驳回起诉

• 法律依据：根据《行政诉讼法》第49条，起诉需满足“有明确的被告、具体的诉讼请求和事实根据、属于人民法院受案范围”等条件。若对方仅口头承认确权合法，但未提供有效证据证明行政行为违法（如程序瑕疵、实体错误），或起诉已超法定期限（通常为知道行政行为之日起6个月内），法院将裁定驳回。
• 实务要点：需审查对方是否提交了推翻确权决定的实质性证据（如土地权属原始凭证、互换协议无效的证据等）。若证据不足，法院不会支持其诉求。

2. 若确权决定存在程序或实体违法，法院可能判决撤销或确认违法

• 程序违法情形：如行政机关未依法公告、未组织现场勘验、未听取利害关系人意见等，违反《土地管理法》第14条或《行政许可法》相关程序规定，法院可能判决撤销确权决定，并责令重作。
• 实体违法情形：若互换土地存在权属争议（如一方未取得集体经济组织成员资格、互换协议违反法律强制性规定），或行政机关未查清事实即确权，法院可能直接撤销确权决定。
• 例外情形：若确权决定违法但撤销会损害公共利益（如涉及重大基础设施），法院可能判决确认违法但不撤销，同时要求行政机关采取补救措施。

3. 若对方承认确权合法，但以“程序瑕疵”为由起诉，法院可能维持确权决定

• 实务分析：若对方仅主张“行政机关未书面通知其参加听证”等轻微程序瑕疵，但未影响实体权利（如土地四至清晰、互换协议有效），法院可能依据《行政诉讼法》第74条，认定程序违法但不影响结果合法性，从而驳回诉讼请求。
• 关键证据：需审查行政机关的卷宗材料（如送达回证、听证记录），若证明程序瑕疵已补正或未损害对方权益，法院将维持确权决定。

4. 若涉及第三方权益，法院可能中止诉讼或追加第三人

• 第三方权益情形：如互换土地涉及相邻权人、抵押权人等利害关系人，对方起诉可能影响第三方权益。此时法院可能依据《行政诉讼法》第27条，追加第三人参加诉讼，或中止诉讼待第三方主张权利后再行审理。
• 实务建议：若您是确权一方，需主动向法院提交互换协议、集体经济组织同意证明等证据，证明确权决定未损害第三方权益。

总结：法院裁决结果取决于确权决定的合法性、对方起诉的实质理由及证据充分性。建议您：

1. 整理互换协议、行政机关确权卷宗等证据；
   
2. 分析对方起诉是否超过法定期限、是否具备原告资格；
   
3. 若对方无实质证据，可主张其起诉属于滥用诉权，要求法院驳回。
   

如有进一步案情细节（如互换协议内容、行政机关确权程序等），可直接向我咨询，我将结合具体证据提供法律意见。