针对您提出的“土地互换耕种一方把土地卖掉了，法院如何处理”的问题，这确实是一个涉及农村土地流转法律风险的复杂情况。以下是我根据相关法律法规和类似案例，为您提供的详细解答：
一、法律背景与原则
首先，我们需要明确的是，农村土地承包经营权的流转，包括互换、转让、出租等方式，都应当遵循依法、自愿、有偿的原则，并且需要签订书面合同，向发包方（通常是村委会）备案。这是保障土地流转合法、有序进行的基础。
二、案件分析
在您描述的情况中，土地已经进行了互换耕种，但随后一方将土地卖掉了。这涉及到几个关键的法律问题：
土地权属问题：土地互换后，原承包方的土地承包经营权已经转移给了互换方。如果互换方未经原承包方同意，擅自将土地卖掉，这构成了对原承包方土地承包经营权的侵害。
合同效力问题：如果土地互换时签订了书面合同，并且合同中明确规定了互换期限、条件等，那么互换方擅自卖掉土地的行为就违反了合同约定，应当承担违约责任。
善意第三人问题：如果土地被卖给了善意第三人，并且已经办理了过户手续，那么根据《民法典》的相关规定，未经登记的土地经营权不得对抗善意第三人。这意味着，原承包方可能无法直接从善意第三人手中收回土地。
三、法院处理方式
在处理此类案件时，法院通常会采取以下步骤：
审查合同与备案情况：法院会首先审查土地互换时是否签订了书面合同，以及是否向发包方进行了备案。这是判断土地流转是否合法、有效的关键。
确定土地权属：通过审查合同、询问当事人、查阅相关证据等方式，法院会努力确定土地的实际权属情况。
调解与判决：在查明事实的基础上，法院会尝试进行调解，促使当事人达成和解协议。如果调解不成，法院会根据相关法律法规和案件事实，作出判决。判决可能包括要求互换方承担违约责任、赔偿损失，或者确认土地权属等。
执行与监督：如果判决生效后，当事人不履行判决义务，法院会依法进行强制执行。同时，法院也会对土地流转情况进行监督，防止类似纠纷再次发生。
四、建议与预防措施
为了避免此类纠纷的发生，我建议您在土地流转过程中注意以下几点：
签订书面合同：土地流转时一定要签订书面合同，明确双方的权利义务、流转期限、条件等。
向发包方备案：合同签订后，要及时向发包方（村委会）进行备案，以便发包方对土地流转情况进行监督和管理。
了解法律风险：在土地流转前，要了解相关的法律法规和政策规定，避免因为不了解法律而陷入纠纷。
及时咨询法律专业人士：如果在土地流转过程中遇到法律问题或纠纷，要及时咨询法律专业人士的意见和建议。
综上所述，法院在处理土地互换耕种一方把土地卖掉的情况时，会依据相关法律法规和案件事实进行审查、调解和判决。为了避免类似纠纷的发生，建议您在土地流转过程中依法合规操作，并咨询法律专业人士的意见。