结论前置：对方以过了诉讼时效抗辩时，您仍有机会通过主张诉讼时效中断、持续侵权行为不适用诉讼时效或对方自愿履行等理由进行反驳，最终是否认定诉讼时效已过需由法院综合判断。以下分情况具体说明：

1. 诉讼时效的起算点与期间

根据《民法典》第188条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

• 关键点：若您在6年前发现土地被侵占时即知道侵权人是谁，且未在3年内主张权利（如协商、起诉等），对方可能主张诉讼时效已过。
  
• 例外情形：若您在6年内持续通过书面催告、报警、信访等方式主张权利，或对方持续实施侵权行为（如每年耕种、收益），可能构成诉讼时效中断或持续侵权，时效重新计算。

2. 对方抗辩“诉讼时效已过”的应对策略

（1）主张诉讼时效中断

若您能提供证据证明在3年内曾向对方主张权利（如短信、录音、证人证言），或对方承认侵权事实（如书面道歉、部分赔偿），诉讼时效自中断之日起重新计算3年。
示例：若您在第4年向对方发送律师函要求返还土地并赔偿收益，时效从发函日起重新计算。

（2）主张“持续侵权行为”不适用诉讼时效

若对方对土地的占有和使用是持续的（如长期耕种、出租），侵权行为处于“进行状态”，您可主张诉讼时效从侵权行为终止之日起计算。
法律依据：根据《民法典》第196条，请求停止侵害、排除妨碍、消除危险等请求权不适用诉讼时效规定。但收益赔偿请求权可能仍受时效限制，需结合具体案情判断。

（3）对方自愿履行或承认债务

若对方在诉讼中自愿同意赔偿部分收益，或曾口头承诺赔偿，可视为放弃时效利益，法院可能不再支持其时效抗辩。
示例：若对方在调解中承认占用土地并同意赔偿，即使诉讼时效已过，法院仍可能支持您的主张。

3. 法院对诉讼时效的审查原则

法院不会主动适用诉讼时效抗辩，需对方明确提出并举证。若您能提供反证（如中断证据、持续侵权证据），法院可能驳回对方抗辩。
实务建议：在起诉时同步主张诉讼时效中断或持续侵权，并附上相关证据（如催告记录、土地使用照片、证人证言等），降低对方抗辩成功率。

4. 若诉讼时效被认定已过的后果

若法院最终认定诉讼时效已过，您将丧失“胜诉权”，即法院不会支持您要求对方赔偿6年收益的请求。但您仍可主张对方返还土地（物权请求权不受时效限制），或通过协商、调解等方式争取部分补偿。

总结：诉讼时效抗辩并非绝对，关键在于您能否提供证据证明时效中断、持续侵权或对方放弃时效利益。建议尽快整理相关证据（如占有使用证明、主张权利记录等），并委托律师制定诉讼策略，以最大限度维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。