结论：关于土地交换40年后政府部门征收已八年，对方反悔起诉法院是否有效的问题，这主要取决于土地交换协议的合法性、有效性以及是否存在可撤销或无效的情形。若协议合法有效且不存在可撤销或无效的情形，对方反悔起诉法院一般无效；若存在相关情形，则对方起诉可能有效。以下从多个角度进行详细分析：
一、土地交换协议的合法性与有效性
协议形式与内容：
- 土地交换协议应当采用书面形式，明确交换土地的位置、面积、用途、交换期限等关键条款。
- 协议内容应合法合规，不得违反法律法规的强制性规定，如不得侵犯国家、集体或第三人的利益。
协议签订程序：
- 协议签订应遵循自愿、公平、等价有偿的原则，双方意思表示真实。
- 若涉及集体土地，可能还需经过村民会议或村民代表会议的讨论通过，并报相关部门批准。
协议登记与备案：
- 根据相关法律法规，土地交换协议可能需要进行登记或备案，以增强其法律效力。
若土地交换协议合法有效，则双方应按照协议约定履行各自义务。在此情况下，若政府部门已依法征收土地，且征收程序合法，对方反悔起诉法院要求撤销征收或恢复土地原状，一般难以得到法院支持。
二、对方反悔起诉的可能情形
协议存在可撤销或无效的情形：
- 如协议签订时存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，导致一方意思表示不真实，受损害方有权请求法院撤销协议。
- 若协议内容违反法律法规的强制性规定，或损害国家、集体或第三人利益，则协议可能被认定为无效。
征收程序违法：
- 若政府部门在征收土地过程中存在程序违法，如未依法公告、未听取被征收人意见、未给予合理补偿等，被征收人有权提起行政诉讼或行政复议，要求撤销征收决定或确认征收程序违法。
若存在上述情形，对方反悔起诉法院可能有效。法院将根据具体情况，审查协议的合法性、有效性以及征收程序的合法性，并作出相应判决。
三、法律建议
审查协议与征收程序：
- 建议双方首先审查土地交换协议的内容与签订程序，确认协议是否合法有效。
- 同时，审查政府部门的征收程序是否合法合规，包括是否依法公告、听取意见、给予补偿等。
协商与调解：
- 在确认协议与征收程序均合法有效的情况下，建议双方通过协商或调解解决争议，以避免不必要的法律纠纷。
寻求法律救济：
- 若协商或调解无果，且对方坚持反悔起诉，建议及时咨询专业律师，了解自身权利与义务，并准备相应的法律证据与材料，以应对可能的法律诉讼。
最后，土地交换与征收问题涉及复杂的法律关系与程序，建议双方在处理此类问题时保持谨慎态度，并寻求专业律师的帮助以确保自身权益得到妥善保护。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。