在耕地上建房或建厂房，若想要使其合法化，必须严格遵循一系列法律法规及政策要求。以下是对这一问题的详细解答，旨在提供全面、准确且条理清晰的法律指导：

一、了解并遵守相关法律法规

首先，您需要深入了解《土地管理法》、《城乡规划法》以及地方性法规或政策。这些法律法规对土地使用、规划和建筑等方面有明确的规定，是确保您建房或建厂房行为合法性的基础。

二、核实土地性质与用途

耕地属于农用地，主要用于农业生产。若您想在耕地上建房或建厂房，必须确认该耕地是否允许进行建设。通常，这需要经过政府相关部门的批准，特别是要确认该耕地是否已被规划为允许建设的用地范围。

三、申请土地使用权变更（农用地转用审批）

1. 对于建房：

   • 若耕地不属于永久基本农田，且建房行为符合土地利用总体规划、村庄规划等，您可向当地自然资源主管部门提出农用地转用申请。
   • 审批通过后，您还需完善其他建房手续，如取得乡村建设规划许可证。
   • 若建设的房屋为农业生产配套设施，如养殖舍等，且符合设施农业用地规定，则应拟定设施建设方案，与农村集体经济组织签订用地协议，并报乡镇政府备案。

2. 对于建厂房：

   • 您需要查询土地利用总体规划，确认耕地是否已被规划为允许建设的用地范围。若未规划，则需考虑申请规划调整。
   • 申请规划调整时，需充分说明建设厂房的必要性、可行性等，并经过相关部门的论证和审批。
   • 农用地转用审批权限根据耕地类型和面积大小有所不同，需按照相关规定逐级上报至有批准权的人民政府进行审批。

四、补充耕地与费用缴纳

根据“占多少，垦多少”的原则，若您占用了耕地进行建设，需开垦与所占用耕地数量和质量相当的耕地。若无法开垦或开垦不符合要求，则需按省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款专用以开垦新耕地。

五、办理建设审批手续

获得土地使用权变更批准后，您需按照当地规定办理建设项目审批手续。这包括提交建筑设计图纸、施工许可证申请、环保验收等。对于建厂房，还需进行环境影响评价，并根据评价结果采取相应的环保措施，获得环保部门的审批。同时，厂房建设也需符合消防安全要求，需向消防部门提交消防设计文件进行审核或备案。

六、遵守建筑规范和安全标准

在建设过程中，您应严格遵守建筑规范和安全标准，确保建筑结构安全、消防设施完备，并满足环保要求。这是确保您建房或建厂房行为合法性的重要一环。

七、处理不符合规划要求的情况

若您所建房屋或厂房占用永久基本农田或不符合土地利用总体规划和村庄规划，通常无法合法化。此时，您可能需自行拆除房屋或厂房，恢复耕地原状，并可能面临罚款或刑事责任。部分地区可能对不符合规定但符合一定条件的违法建房行为进行处罚后允许保留房屋或厂房，但需以当地规定为准，并可能需要缴纳罚款、补办相关手续。

八、接受监管和检查，咨询专业人士

整个建设和使用过程中，您应接受政府相关部门的监管和检查，并保持开放合作态度。鉴于土地和建设法规的复杂性，我强烈建议您咨询专业律师或规划师，以获得具体的法律建议和指导，避免潜在法律风险。

综上所述，要在耕地上合法建房或建厂房，需遵循一系列复杂的法律程序和规定。务必在开始之前进行充分的调查和准备，并确保项目符合所有适用的法律法规要求。