结论：关于“与人力资源公司签订合同，但证书估算在公司是否可以”的问题，这主要取决于合同的具体内容、双方约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同内容与双方约定：

   • 首先，需要仔细审查与人力资源公司签订的合同条款。合同中应明确双方的权利和义务，包括证书的归属、使用、保管等具体事项。
   • 如果合同中明确规定了证书的所有权或使用权归公司所有，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照合同约定持有或使用证书。
   • 反之，如果合同中没有明确规定或规定不明确，或者规定与法律法规相冲突，那么证书的归属和使用就可能存在争议。

2. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国合同法》（现已被《中华人民共和国民法典》合同编替代）的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。因此，合同中的条款应当得到双方的严格遵守。
   • 同时，也要考虑其他相关法律法规的规定，如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等，这些法律法规可能对证书的归属和使用有间接影响。例如，如果证书是劳动者个人资质的证明，那么其归属和使用可能受到劳动法律法规的保护。

3. 证书的性质与用途：

   • 证书的性质也是决定其归属和使用的重要因素。如果证书是劳动者个人通过考试或评审获得的，且与其个人职业资质直接相关，那么证书通常应归劳动者个人所有。
   • 如果证书是公司为了业务需要而要求劳动者考取的，且公司承担了考试费用或提供了其他支持，那么双方可以在合同中约定证书的归属和使用方式。但即使如此，也应确保约定不违反法律法规的强制性规定，且不损害劳动者的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司未经劳动者同意擅自持有或使用其证书，可能构成侵权行为，劳动者有权要求公司停止侵权、返还证书并赔偿损失。
   • 如果双方因证书的归属和使用发生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议时，应依据合同条款、相关法律法规以及公平、公正的原则进行裁决。

建议：

• 在与人力资源公司签订合同时，应明确约定证书的归属、使用、保管等具体事项，以避免后续争议。
• 如果已经签订了合同但未明确约定证书相关事项，建议双方通过协商补充约定或签订补充协议。
• 如果发生争议且无法协商解决，建议及时咨询专业律师（即向我咨询，我专注于合同纠纷、公司事务领域），以便通过法律途径维护自身合法权益。