结论：员工工伤后，公司扣除每年出勤费的行为一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
工伤保险待遇：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，在停工留薪期内，员工应享受与正常工作期间相同的工资待遇，公司不得扣除任何费用。
出勤费与工资的关系：
- 出勤费通常被视为员工工资的一部分，是员工因出勤而应得的报酬。在工伤期间，员工虽然可能无法出勤，但这是由于工作原因导致的，因此公司不应因此扣除员工的出勤费或工资。
公司的义务：
- 公司有义务为员工缴纳工伤保险，并在员工发生工伤时，按照工伤保险的规定支付相关费用。这包括医疗费用、停工留薪期的工资等。公司不得通过扣除出勤费等方式来转嫁这些费用。
二、实际操作角度
公司政策的合法性：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了工伤期间扣除出勤费的内容，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同法的角度来看，该规定可能具有一定的约束力。然而，在工伤保险领域，法律法规具有优先适用性，因此即使合同中有此类规定，也可能因违反法律法规而无效。
员工的权益保护：
- 员工在工伤期间享有法定的权益保护，包括停工留薪期的工资待遇等。如果公司违反这些规定扣除出勤费，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
三、建议与后果
建议：
- 对于员工而言，如果遭遇公司扣除工伤期间出勤费的情况，应首先与公司进行沟通协商，要求公司按照法律法规的规定支付停工留薪期的工资。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，应严格遵守法律法规的规定，不得在工伤期间扣除员工的出勤费或工资。同时，公司应加强内部管理，完善规章制度，确保员工的合法权益得到保障。
可能的法律后果：
- 如果公司违反法律法规的规定扣除工伤期间员工的出勤费或工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，公司还可能因侵犯员工权益而承担民事赔偿责任。
综上所述，员工工伤后，公司扣除每年出勤费的行为一般是不合法的。员工应了解自己的权益并积极维护，公司也应遵守法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。