针对您提出的“员工入职怀孕隐瞒怎么处理”的问题，这是一个涉及劳动法、员工权益及企业管理多个层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面分析
孕期保护：根据劳动法的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得无故解除劳动合同。这是为了保护女职工的特殊权益，确保她们在这一特殊时期能够得到必要的保障。
隐瞒信息的性质：员工在入职时隐瞒怀孕情况，虽然可能涉及诚信问题，但婚姻、生育状况属于个人隐私范畴，并不直接构成对劳动合同的欺诈。除非该隐瞒行为直接影响了劳动合同的履行（如某些特定岗位对孕期有明确限制），否则用人单位不能以此为由解除劳动合同。
违法解除的后果：如果用人单位以员工隐瞒怀孕情况为由解除劳动合同，且该解除行为被认定为违法，那么用人单位需要支付双倍的经济补偿金，并可能面临劳动行政部门的调查处理。
二、企业管理层面建议
入职前沟通：在招聘过程中，用人单位可以通过适当的沟通方式，了解应聘者的基本情况和职业规划，但应避免直接询问婚姻、生育等敏感问题，以免引发就业歧视的争议。
入职体检：虽然入职体检不能直接检测出怀孕情况，但可以作为了解员工健康状况的一种方式。不过，体检项目应合法合规，不得侵犯员工隐私。
规章制度完善：用人单位应完善内部规章制度，明确员工在入职时应如实告知与劳动合同直接相关的基本情况，但对于个人隐私信息（如婚姻、生育状况）的告知要求应谨慎处理。
协商处理：如果发现员工入职时隐瞒了怀孕情况，且该隐瞒行为对劳动合同的履行没有实质性影响，用人单位应尽量通过协商的方式解决问题，如调整工作岗位、安排灵活工作时间等，以体现对员工的关怀和支持。
法律风险防范：用人单位在处理此类问题时，应咨询专业法律人士的意见，确保处理方式合法合规，避免引发不必要的法律纠纷。
三、案例参考
以您提供的案例为例，法院最终判决公司继续履行与陈小丽之间的劳动合同，认为陈小丽虽在填写应聘表格时虚报生育情况，但婚姻、生育状况并不必然影响其履职能力，且公司并不据此享有单方解除劳动合同的权利。这一案例也进一步印证了上述法律层面的分析。
综上所述，对于员工入职怀孕隐瞒的问题，用人单位应秉持合法、合规、人性化的原则进行处理，既要保护员工的合法权益，也要维护企业的正常运营秩序。