公司扣押员工证书，员工完全有权通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是从多个角度为你详细分析的解答：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。公司扣押员工证书，显然违反了这一法律规定，侵犯了员工的合法权益。
二、劳动仲裁的申请流程
确认仲裁时效：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，你需要在时效期内提出申请，避免因超期而丧失胜诉权。
收集证据：
- 劳动关系证明：如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等，以证明你与公司之间存在劳动关系。
- 证书扣押证据：如公司扣押证书的通知、相关聊天记录、邮件往来等，以及与公司负责人或相关人员关于证书扣押问题的沟通记录。
确定仲裁机构：
- 向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。若两者不一致，你可以选择其中一个更方便的仲裁机构。
准备申请材料：
- 仲裁申请书：明确申请人（你）和被申请人（公司）的基本信息，详细阐述仲裁请求（如要求公司返还扣押的证书）、事实和理由，并列出证据清单。
- 相关证据材料：将收集到的证据整理成册，每份证据注明来源和证明内容，按仲裁机构要求提供副本。
- 身份证明文件：提供你的身份证复印件，如有委托代理人，还需提交授权委托书和代理人身份证明。
提交申请并等待受理：
- 将准备好的仲裁申请书和相关材料一并提交给选定的劳动争议仲裁委员会。仲裁委员会收到申请后，将在规定期限内进行审查。若材料齐全、符合受理条件，将予以受理并送达受理通知书。
参加庭审并等待裁决：
- 仲裁委员会受理后，将安排开庭审理时间和地点，并提前通知你。你需要按时参加庭审，清晰陈述事实和理由，出示相关证据。仲裁庭在审理终结后，将根据查明的事实和相关法律法规作出仲裁裁决。
三、可能的法律后果与后续行动
仲裁裁决支持你的请求：
- 若仲裁裁决支持你要求公司返还扣押证书的请求，公司需在规定期限内履行裁决义务。若公司拒不履行，你可以在裁决书规定的履行期限届满后，向有管辖权的人民法院申请强制执行。
对仲裁结果不服：
- 如对仲裁结果不服，你还可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
四、建议与提醒
- 保持冷静与理性：在整个劳动仲裁过程中，保持冷静和理性至关重要。通过合法途径维护自己的权益，避免采取过激行为。
- 仔细阅读劳动合同：在今后与用人单位签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于证件扣押、担保等条款，确保自身权益得到充分保障。
- 及时咨询与行动：如果你对公司扣押证书的行为有疑问或担忧，建议及时向我咨询，以便我为你提供更具体的法律建议和帮助。
综上所述，公司扣押员工证书是违法行为，你有权通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。希望以上解答能对你有所帮助，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。