当地方性法规和部门规章发生冲突时，应当由国务院提出意见，若认为应当适用地方性法规的，则适用地方性法规；若认为应当适用部门规章的，则应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。以下是详细分析：
冲突的本质与解决原则
- 地方性法规是由地方国家权力机关（如省、自治区、直辖市的人民代表大会及其常务委员会）制定的规范性文件，它在本行政区域内具有法律效力。
- 部门规章则是由国务院所属的各部、委员会、中国人民银行、审计署和具有行政管理职能的直属机构，在本部门的权限范围内制定的规范性文件。
- 当这两者发生冲突时，由于它们分别属于不同的立法主体，且立法权限和范围有所不同，因此需要通过一定的程序来解决冲突。
解决冲突的具体程序
- 国务院提出意见：当地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，首先由国务院提出意见。
- 适用地方性法规：如果国务院认为应当适用地方性法规的，那么在该行政区域内，地方性法规具有优先适用的效力。
- 提请全国人大常委会裁决：如果国务院认为应当适用部门规章的，那么需要提请全国人民代表大会常务委员会进行裁决。全国人大常委会作为我国的最高立法机关，有权对法律、法规之间的冲突进行裁决。
实际操作中的注意事项
- 在实际操作中，如果遇到地方性法规与部门规章冲突的情况，相关单位或个人应当及时向国务院或相关部门反映，以便启动解决冲突的程序。
- 同时，也需要注意，在冲突解决之前，相关单位或个人应当谨慎行事，避免因为适用法律不当而引发法律风险。