当地方规章（这里主要指地方政府规章）和部门规章发生冲突时，我们需要依据一系列明确的法律原则和规则来处理这一法律适用问题。以下是一个详细且深入的解答：
一、法律地位与效力层级分析
首先，我们要明确部门规章和地方政府规章的法律地位及其效力层级。部门规章是由国务院所属部门制定的规范性文件，而地方政府规章则是由地方人民政府根据本地实际情况制定的。在我国法律体系中，虽然它们都属于规章范畴，但并不直接构成上下级关系，而是各自在其制定机关的权限范围内有效。当它们之间发生冲突时，不能简单地依据“上位法优于下位法”的原则来裁决，因为这一原则主要适用于不同层级的法律规范之间。
二、具体处理规则
交由国务院提出意见（针对部门规章与地方性法规冲突时的特殊处理，但可借鉴思路）：
- 实际上，当部门规章与地方政府规章冲突时，并不直接交由国务院提出意见。但我们可以借鉴部门规章与地方性法规冲突时的处理思路，即寻求更高层级的裁决或协调机制。不过，更直接且常用的方法是依据后续的法律适用原则。
法律适用原则：
- 特别法优于一般法：如果部门规章和地方政府规章针对同一事项但内容有所不同，且其中一个为特别规定（如针对特定行业、地区或情况的特别规定），另一个为一般规定，则应优先适用特别规定。
- 新法优于旧法：对于同一机关（虽然部门规章和地方政府规章的制定机关不同，但在此我们考虑的是如果它们在同一领域有先后制定的规章）就同一事项在不同时间制定的规章，新制定的规章将取代旧的规章。然而，在实际操作中，由于部门规章和地方政府规章的制定机关不同，这一原则更多用于同一制定机关内部的新旧规章冲突。但当两者冲突且无法直接判断时，可考虑规章的制定时间和背景，以及是否反映了最新的法律精神或政策导向。
- 目的解释与协调：在无法直接应用上述原则时，应深入分析规章的目的、立法背景和实际需要，寻求两者之间的协调点，或判断哪个规章更符合上位法的精神和原则。
协商解决与裁决机制：
- 当部门规章和地方政府规章发生冲突且无法直接判断哪个应优先适用时，可通过协商、请示上级机关（如国务院或相关部门的上级机关）或提请有关机关进行裁决等方式解决。虽然直接的法律条文可能未明确规定此类冲突的裁决程序，但实际操作中，可以借鉴《立法法》中关于其他类型法规冲突的处理机制，如提请全国人民代表大会常务委员会或国务院进行裁决（在特定情况下，如部门规章与地方性法规冲突时）。对于部门规章与地方政府规章的冲突，更可能的是通过国务院的协调或相关部门的协商来解决。
三、实际应用中的注意事项
- 确保法律体系统一：相关部门在制定和修改规章时，应充分考虑与其他相关法律法规的协调性和一致性，以确保法律体系的统一性和稳定性。
- 及时修改或废止：当发现部门规章与地方政府规章存在冲突时，制定机关应及时对规章进行修改或废止，以确保法律的适用性和有效性。
- 寻求专业法律意见：在处理复杂的规章冲突问题时，建议寻求专业法律人士的意见和帮助，以确保处理的合法性和合理性。
四、结论
处理部门规章和地方政府规章的冲突是一个复杂而细致的过程。在缺乏直接法律条文规定的情况下，我们应综合运用法律适用原则、协商解决与裁决机制等方法来确保法律的正确适用和统一实施。同时，相关部门在制定和修改规章时也应注重法律体系的统一性和稳定性，以减少冲突的发生。