当部门法（这里主要理解为部门规章）与地方性法规发生冲突时，我们需要遵循一系列明确且具体的规则来处理这一法律适用问题，以确保法律的正确适用和统一实施。以下是一个详细且深入的处理流程：
一、明确法律地位与效力层级
首先，我们需要明确部门规章和地方性法规在法律体系中的地位和效力层级。在我国法律体系中，宪法具有最高的法律效力，其次是法律，然后是行政法规、地方性法规、部门规章等。部门规章是由国务院所属部门制定的规范性文件，而地方性法规则是由地方人大或其常委会根据本地实际情况制定的。
二、遵循具体处理规则
交由国务院提出意见：
- 根据《中华人民共和国立法法》的相关规定，当地方性法规与部门规章对同一事项的规定不一致时，应由国务院提出意见。
- 如果国务院认为应当适用地方性法规，则决定在该地方适用地方性法规；如果国务院认为应当适用部门规章，则应提请全国人民代表大会常务委员会裁决。
上位法优于下位法：
- 通常，法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章。因此，如果部门规章是依据法律或行政法规制定的，而地方性法规与之冲突，原则上应优先适用部门规章。
- 但需注意，地方性法规若基于本地特殊情况或实际需要，且不违背上位法基本原则作出的特别规定，在本地范围内有效。
新法优于旧法：
- 对于同一机关就同一事项在不同时间制定的法规，新制定的法规将取代旧的法规。这一原则同样适用于部门规章和地方性法规之间的冲突。
特别法优于一般法：
- 针对同一事项但内容有所不同的特别法和一般法，特别法的规定将优先于一般法。如果地方性法规是针对某一特定事项作出的特别规定，而部门规章是一般性规定，则应优先适用地方性法规。
三、协商解决与裁决机制
协商解决：
- 在实际操作中，若出现无法直接判断哪个法规应优先适用的情况，或双方对法规适用存在争议，可通过协商的方式解决。这可以涉及相关部门之间的沟通、协调，以达成共识。
请示上级机关或提请裁决：
- 如果协商无法达成一致，可以请示上级机关（如国务院或地方上级人大）进行裁决。
- 根据《立法法》的规定，对于地方性法规与部门规章之间的冲突，国务院可以提出意见，并视情况提请全国人民代表大会常务委员会裁决。
四、实际应用中的注意事项
全面分析案件事实和法律条文：
- 在处理具体案件时，应结合案件事实和法律条文的具体规定进行全面分析和判断。明确部门规章和地方性法规的法律地位和效力层级，然后依据上述处理规则进行逐一比对和分析。
注重法律体系的统一性和稳定性：
- 相关部门在制定和修改法规、规章时，应充分考虑与其他相关法律法规的协调性和一致性，以确保法律体系的统一性和稳定性。避免因为法规之间的冲突而导致法律适用的混乱。
及时修改或废止冲突法规：
- 当发现部门规章与地方性法规存在冲突时，制定机关应及时对相关法规进行修改或废止，以确保法律的适用性和有效性。这有助于维护法律的权威性和公信力。
综上所述，处理部门规章与地方性法规的冲突是一个复杂而细致的过程。我们需要综合运用法律知识、法律原则和裁决机制来确保法律的正确适用和统一实施。在实际操作中，应注重全面分析案件事实和法律条文、注重法律体系的统一性和稳定性、及时修改或废止冲突法规等方面的工作。