结论：员工入职6个月后就医超过三个月，辞退是否需要补偿以及补偿多少，需根据员工就医的具体原因（是否属于工伤或患病且在医疗期内）以及公司的辞退理由是否合法来确定。以下分情况详细说明：
一、员工就医属于工伤且在停工留薪期内
法律背景：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
法律后果：
- 如果员工就医属于工伤且在停工留薪期内，公司不得辞退员工，否则将构成违法解除劳动合同。
- 若公司违法解除劳动合同，员工有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍，即员工在公司工作每满一年支付两个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付一个月工资。
二、员工就医属于患病且在医疗期内
法律背景：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，公司不得解除劳动合同。
法律后果：
- 如果员工就医属于患病且在医疗期内，公司同样不得辞退员工。
- 若公司违法解除劳动合同，员工同样有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金，赔偿金标准同上。
三、员工就医不属于工伤或患病医疗期，或医疗期已满
法律背景：
- 如果员工就医不属于工伤或患病医疗期，或者医疗期已满但员工不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，公司可以依据《劳动合同法》第四十条的规定解除劳动合同。
- 但在此情况下，公司仍需支付经济补偿。
经济补偿计算：
经济补偿按员工在公司工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。
六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
计算公式：\(经济补偿 = 工作年限 \times 月工资\)（其中，月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）
示例：假设员工在公司工作了6个月，月工资为5000元，则经济补偿为\(0.5年 \times 5000元/月 = 2500元\)。
四、公司违法辞退的额外后果
- 如果公司辞退员工的行为被认定为违法，除了支付赔偿金外，还可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。
建议：
- 在处理此类情况时，公司应首先确认员工就医的具体原因和是否处于医疗期或停工留薪期内。
- 如果确实需要辞退员工，应确保辞退理由合法且程序正当，以避免不必要的法律风险。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。