旷工三天只发基本工资是否合法，需根据具体情况分析，但通常情况下，这种做法是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：

法律规定角度

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定或约定的合理理由，否则用人单位不得随意扣减劳动者的工资。

2. 经济损失赔偿限制：

   • 即便劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。因此，直接扣减三天工资往往超出了这一法定限额。

劳动合同与规章制度方面

1. 规章制度的合法性：

   • 用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣三天工资时，该条款必须满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。如果规章制度未满足这些条件，或内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了旷工的处罚措施，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据合同约定进行处理。但即便如此，扣减工资的幅度也应受到法律的限制。

特殊情况处理

• 在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失。然而，这种赔偿仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。因此，直接扣减三天工资作为赔偿通常是不合法的。

合法合理的处理方式

• 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。

劳动者的维权途径

• 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。

总结与建议：

旷工三天只发基本工资的做法通常是不合法的，因为它违反了法律关于工资支付和劳动者权益保护的规定。用人单位在处理员工旷工问题时，应当遵循合法、合理、公正的原则，并尊重劳动者的合法权益。如果劳动者遇到这种情况，应积极采取措施维护自己的合法权益，如与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。

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