结论：非本厂员工在厂区吸烟被处罚5000至10000元，这种做法通常是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、公司无行政处罚权
- 法律原则：罚款本质上是一种行政处罚行为。根据《行政处罚法》的相关规定，只有具有行政处罚权的行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，在法定职权范围内才能实施行政处罚。
- 公司地位：公司作为普通的民事主体，并不具备行政处罚权。因此，无论是对本厂员工还是非本厂员工，公司都无权进行罚款处罚。这一原则确保了法律体系的严谨性和公正性，防止非行政机构滥用处罚权力。
二、劳动法律法规的限制（针对本厂员工，但可类比推理）
- 规章制度制定程序：虽然非本厂员工不直接受公司劳动规章制度的约束，但我们可以从公司对本厂员工的管理规定中类比推理。根据《劳动合同法》等劳动法律法规，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，如劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生等，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 罚款的合法性：罚款这种直接扣减劳动者工资报酬的做法，不符合法律规定。法律严格限制用人单位随意克扣劳动者工资，以保护劳动者的经济权益。同理，公司也无权对非本厂员工进行罚款。
三、合法的管理方式
- 针对本厂员工：尽管公司不能通过罚款来管理员工在厂区的吸烟行为，但可以采取其他合理、合法的方式进行管理，如给予警告、记过、解除劳动合同等纪律处分措施。这些处理方式也需要在符合法律法规的前提下进行，并确保程序合规，充分尊重并保障员工的合法权益。
- 针对非本厂员工：对于非本厂员工，公司可以采取劝阻、要求离开厂区等合理措施。如果非本厂员工的吸烟行为给公司造成了实际经济损失，公司可以依据相关民事法律规定要求其进行赔偿，但赔偿数额应仅限于补偿公司因吸烟行为所遭受的实际损失，并且公司需要提供充分的证据证明损失的存在以及损失与吸烟行为之间的因果关系。
四、可能的法律后果
- 非法罚款的无效性：如果公司对非本厂员工进行了非法罚款，该罚款行为是无效的。非本厂员工有权拒绝支付罚款，并可以向相关部门投诉或寻求法律救济。
- 公司的法律责任：如果公司因非法罚款行为给非本厂员工造成了损失，如名誉损害、经济损失等，公司可能需要承担相应的法律责任，如赔偿损失、赔礼道歉等。
建议：公司应当通过合法、合理的方式管理厂区内的吸烟行为，确保所有人员的合法权益不受侵害。对于非本厂员工，公司可以采取劝阻、要求离开等合理措施，并在必要时寻求法律救济。如果公司有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。