在综合工时制下，关于加班后能否选择调休的问题，这主要取决于加班的具体类型。以下是对此问题的详细解答：
一、综合工时制下的加班类型
在综合工时制下，加班主要分为三种类型：休息日加班、延长工作时间加班和法定节假日加班。
休息日加班：
- 当用人单位安排劳动者在休息日工作时，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，可以安排补休。
- 如果不能安排补休，则需要支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 因此，在综合工时制下，休息日加班是可以通过调休来避免支付加班费的。
延长工作时间加班：
- 延长工作时间指的是超出每日8小时或每周40小时的工作时间。
- 对于这种情况，用人单位应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 重要的是，延长工作时间加班不能通过调休来替代，必须支付加班费。
法定节假日加班：
- 法定节假日具有特殊的纪念意义和保障劳动者权益的考量。
- 用人单位安排劳动者在法定节假日工作的，必须按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
- 法定节假日加班同样不能通过调休来替代。
二、调休的实际操作要点
企业规定：
- 用人单位应在规章制度中明确规定综合工时制下加班调休的具体操作流程，包括调休的申请、审批程序等。
- 这有助于确保管理有章可循，避免日后产生纠纷。
协商一致：
- 在安排调休时，用人单位应与劳动者协商一致。
- 如果劳动者不愿意调休而要求支付加班费，用人单位应当按照法律规定支付相应费用。
加班时长限制：
- 虽然综合工时制下加班时长不受每日最多3小时的限制，但每月平均加班时间不得超过36小时。
- 这是为了保障劳动者的身体健康和工作生活平衡。
三、结论与建议
综上所述，在综合工时制下，加班后能否调休主要取决于加班的类型。休息日加班可以安排调休，但延长工作时间和法定节假日加班则必须支付加班费。因此，当您面临加班情况时，首先应明确加班的类型，然后根据相关规定和用人单位的规章制度来选择是否调休。
同时，我建议您在与用人单位协商调休时，务必确保双方达成一致，并保留好相关证据，如调休申请、审批记录等。这样，在日后可能出现的纠纷中，您就能更好地维护自己的合法权益。