在总价合同中，若采用清单包干的方式，实际工程量少于清单工程量时，是否扣减工程款，这主要取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程合同中，双方当事人的约定具有首要效力。如果合同中明确规定了“实际工程量少于清单工程量时，工程款不予扣减”或者类似条款，那么即使实际工程量减少，发包方也应按照合同约定的总价支付工程款。
   • 反之，如果合同中约定了“实际工程量少于清单工程量时，应按实际工程量结算工程款”或者类似条款，那么发包方有权根据实际工程量扣减相应的工程款。

2. 法律法规的补充作用：

   • 在合同没有约定或者约定不明确的情况下，可以依据相关法律法规的规定来处理。根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，如果合同内容存在歧义或者不明确，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思。
   • 在建设工程领域，如果实际工程量显著少于清单工程量，且这种减少并非由于承包方的原因造成，那么从公平原则出发，发包方扣减工程款可能是合理的。但具体扣减多少，需要综合考虑多种因素，如工程量的减少比例、对工程总造价的影响、承包方的实际损失等。

3. 实际案例与行业惯例：

   • 在实际案例中，法院或仲裁机构在处理类似纠纷时，会综合考虑合同约定、法律法规、行业惯例以及双方当事人的实际履行情况等因素来作出裁决。
   • 行业惯例也可能对处理此类纠纷产生影响。例如，在某些地区或行业中，可能存在“工程量减少超过一定比例时，应按实际工程量结算”的惯例。

4. 建议与风险防范：

   • 对于发包方而言，在签订合同时应明确约定工程量变化时的工程款结算方式，以避免后续纠纷。同时，在施工过程中应加强对工程量的监控和管理，确保工程量数据的准确性和真实性。
   • 对于承包方而言，在签订合同时应仔细审查合同条款，特别是关于工程量变化和工程款结算的条款。在施工过程中应及时与发包方沟通工程量变化情况，并保留好相关证据材料以备后续维权之需。

总结来说，在总价合同中清单包干的情况下，实际工程量少于清单工程量时是否扣减工程款，并没有一个固定的答案。它取决于合同的具体约定、相关法律法规的规定、行业惯例以及双方当事人的实际履行情况等多种因素。因此，在处理此类纠纷时，应综合考虑各种因素并寻求专业法律意见以确保自身权益得到保障。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。